295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4395 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4395  ComF family protein  100 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.136408  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  61.88 
 
 		 230 aa  277  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  60.09 
 
 		 242 aa  251  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  60.09 
 
 		 242 aa  249  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  56.44 
 
 		 238 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  52.73 
 
 		 255 aa  228  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  51.18 
 
 		 271 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1671  ComF family protein  49.79 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  46.12 
 
 		 230 aa  175  6e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  44.34 
 
 		 266 aa  158  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  39.22 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  39.15 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  40.08 
 
 		 241 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  34.85 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  30.89 
 
 		 296 aa  118  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  41.41 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  38.86 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  38.77 
 
 		 228 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.48 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.07 
 
 		 243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  38.39 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  38.5 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.09 
 
 		 247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  40.18 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  37.67 
 
 		 246 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  39.07 
 
 		 243 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  42.21 
 
 		 258 aa  111  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  39.53 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  36.07 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  37.45 
 
 		 262 aa  108  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  36.99 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  37.14 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  37.23 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  36.07 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  36.49 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  35.81 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  33.48 
 
 		 279 aa  105  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  36.48 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  36.57 
 
 		 258 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.92 
 
 		 238 aa  105  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  34.84 
 
 		 222 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  38.86 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  37.56 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  38.96 
 
 		 279 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  33.62 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  37.69 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  39.75 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  34.23 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  37.66 
 
 		 255 aa  102  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  36.32 
 
 		 244 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  32.11 
 
 		 234 aa  101  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  37.38 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  32.57 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  40.85 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.96 
 
 		 245 aa  99.8  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  33.91 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  37.12 
 
 		 269 aa  99.4  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  36.21 
 
 		 268 aa  99  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  36.04 
 
 		 241 aa  98.6  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  34.09 
 
 		 233 aa  98.2  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  30.36 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  30.33 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  38.24 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.39 
 
 		 237 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.62 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  36.51 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  31.19 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  34.39 
 
 		 237 aa  95.9  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  38.36 
 
 		 299 aa  95.9  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  30.22 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  34.39 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  34.33 
 
 		 242 aa  95.1  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  33.6 
 
 		 276 aa  95.1  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.11 
 
 		 251 aa  95.1  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  32.07 
 
 		 252 aa  95.1  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  37.14 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0152  amidophosphoribosyltransferase-like protein  23.83 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0150126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  32.73 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.27 
 
 		 250 aa  92.8  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  33.48 
 
 		 227 aa  92.4  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  27.05 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.19 
 
 		 238 aa  91.7  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  38.81 
 
 		 269 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  26.67 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  33.62 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  33.49 
 
 		 256 aa  89.4  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  36.23 
 
 		 215 aa  89  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  34.27 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  36.13 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  34.35 
 
 		 271 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  26.32 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  34.3 
 
 		 254 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1211  hypothetical protein  36.91 
 
 		 274 aa  86.7  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.081938  normal  0.0534087 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2861  phosphoribosyltransferase  38.75 
 
 		 265 aa  86.3  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.603337 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  35.96 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2236  phosphoribosyltransferase  40.25 
 
 		 266 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  28.11 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  27.83 
 
 		 226 aa  85.9  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  40.79 
 
 		 272 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>