More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4339 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4339  A/G-specific adenine glycosylase  100 
 
 
353 aa  718  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00948332  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0901  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  63.19 
 
 
357 aa  446  1e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0830  A/G-specific adenine glycosylase  62.9 
 
 
357 aa  443  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19342  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1654  A/G-specific adenine glycosylase  63.02 
 
 
344 aa  440  1e-122  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.342935  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0905  A/G-specific adenine glycosylase  62.11 
 
 
384 aa  440  1e-122  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1299  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  59.6 
 
 
357 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.360149  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3604  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  60.34 
 
 
363 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211751  hitchhiker  0.00640648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5427  A/G-specific adenine glycosylase  61.92 
 
 
356 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1054  A/G-specific adenine glycosylase  58.54 
 
 
370 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3235  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  58.77 
 
 
368 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3492  A/G-specific adenine glycosylase  51.17 
 
 
384 aa  332  6e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30303e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4128  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  49.03 
 
 
375 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0590  A/G-specific adenine glycosylase  48.86 
 
 
353 aa  321  1e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123434  decreased coverage  0.000793491 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0320  A/G-specific adenine glycosylase  49.58 
 
 
369 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6127  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  49.86 
 
 
368 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201611  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2797  A/G-specific adenine glycosylase  48.99 
 
 
368 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2183  A/G-specific adenine glycosylase  48.99 
 
 
368 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0602702  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2808  A/G-specific adenine glycosylase  48.99 
 
 
368 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0518  A/G-specific adenine glycosylase  48.42 
 
 
370 aa  316  4e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.851283  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0401  A/G-specific adenine glycosylase protein  50.28 
 
 
362 aa  312  5e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0480  A/G-specific adenine glycosylase  48.43 
 
 
368 aa  309  6e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0283  A/G-specific adenine glycosylase  48.78 
 
 
382 aa  308  7e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2936  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3114  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0082  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1508  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.198974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0591  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  4e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.677062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0575  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  306  4e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.424229  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0759  A/G-specific adenine glycosylase  48.13 
 
 
368 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2715  A/G-specific adenine glycosylase  50.14 
 
 
381 aa  302  7e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.197522 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2857  A/G-specific adenine glycosylase  50.14 
 
 
368 aa  302  7e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0256  A/G-specific adenine glycosylase  47.62 
 
 
382 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3176  A/G-specific adenine glycosylase  44.63 
 
 
354 aa  293  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0064  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  46.24 
 
 
345 aa  289  5e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.61825e-14  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0348  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  45.97 
 
 
393 aa  285  8e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0522  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  45.09 
 
 
353 aa  284  2e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000130755  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0003  A/G-specific adenine glycosylase  40.62 
 
 
353 aa  283  3e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.9513e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4901  A/G-specific adenine glycosylase MutY  44.41 
 
 
355 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0755  A/G-specific adenine glycosylase  42.61 
 
 
350 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0078  A/G-specific adenine glycosylase  42.82 
 
 
383 aa  281  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.99857  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0295  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  47.59 
 
 
405 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4259  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  44.57 
 
 
355 aa  279  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  4.89397e-09 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0882  adenine DNA glycosylase  42.29 
 
 
368 aa  279  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5342  A/G-specific adenine glycosylase  44.7 
 
 
355 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4922  A/G-specific adenine glycosylase  45.3 
 
 
355 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.08141e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0320  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  45.09 
 
 
355 aa  279  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0253407  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0306  A/G-specific adenine glycosylase  45.11 
 
 
355 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0286  A/G-specific adenine glycosylase  44.73 
 
 
355 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000160369 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4043  adenine DNA glycosylase  43.19 
 
 
381 aa  276  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0975151 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3407  adenine DNA glycosylase  41.71 
 
 
368 aa  276  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0148197  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04530  A/G-specific adenine glycosylase  44.73 
 
 
362 aa  274  2e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1545  A/G-specific adenine glycosylase  45.1 
 
 
374 aa  274  2e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.151581  normal  0.696978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0311  A/G-specific adenine glycosylase  44.16 
 
 
355 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.354771  normal  0.798997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0443  A/G-specific adenine glycosylase  46.88 
 
 
359 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0820  adenine DNA glycosylase  42.69 
 
 
419 aa  269  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.746728  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2130  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  46.74 
 
 
344 aa  268  8e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0857  A/G-specific adenine glycosylase  46.06 
 
 
353 aa  268  8e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0819  adenine DNA glycosylase  42.11 
 
 
371 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0151  adenine DNA glycosylase  41.52 
 
 
372 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.523345  hitchhiker  7.64149e-06 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0937  A/G-specific adenine glycosylase  43.68 
 
 
349 aa  266  3e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3284  adenine DNA glycosylase  41.86 
 
 
350 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0228526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3358  adenine DNA glycosylase  41.86 
 
 
350 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.173815 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2525  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  42.15 
 
 
368 aa  265  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5884  A/G-specific adenine glycosylase  45.11 
 
 
355 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3350  adenine DNA glycosylase  41.57 
 
 
350 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0534  A/G-specific adenine glycosylase  40.23 
 
 
350 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  5.06444e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3274  adenine DNA glycosylase  41.86 
 
 
350 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3453  adenine DNA glycosylase  41.57 
 
 
350 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.849569 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002446  A/G-specific adenine glycosylase  40.79 
 
 
358 aa  263  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0492141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1319  A/G-specific adenine glycosylase  42.81 
 
 
382 aa  262  9e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01430  A/G-specific adenine glycosylase  42.38 
 
 
357 aa  261  1e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229953  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00282  A/G-specific adenine glycosylase  39.72 
 
 
355 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.274494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3206  adenine DNA glycosylase  41.35 
 
 
361 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1621  A/G-specific adenine glycosylase  42.39 
 
 
381 aa  259  4e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.865832  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3394  adenine DNA glycosylase  41.16 
 
 
360 aa  259  5e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2490  A/G-specific adenine glycosylase  41.91 
 
 
368 aa  258  8e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.646812  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03591  A/G-specific adenine glycosylase  39.37 
 
 
358 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3122  adenine DNA glycosylase  40.87 
 
 
360 aa  258  1e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3307  adenine DNA glycosylase  40.87 
 
 
360 aa  258  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4265  adenine DNA glycosylase  40.87 
 
 
350 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.528078  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2695  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  45.57 
 
 
361 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.375064 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0753  adenine DNA glycosylase  40.87 
 
 
350 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.852915  normal  0.0133097 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2267  A/G-specific adenine glycosylase MutY  42.17 
 
 
354 aa  257  2e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02791  adenine DNA glycosylase  40.87 
 
 
350 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0610871  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1667  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  39.39 
 
 
370 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0930  hypothetical protein  39.43 
 
 
355 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2873  A/G-specific adenine glycosylase  39.83 
 
 
357 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0734  A/G-specific adenine glycosylase  40.87 
 
 
350 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02754  hypothetical protein  40.87 
 
 
350 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0736099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67990  A/G-specific adenine glycosylase  46.69 
 
 
355 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.259301  normal  0.0147952 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1916  A/G-specific adenine glycosylase  42.58 
 
 
381 aa  256  5e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1181  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  42.81 
 
 
372 aa  255  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  1.1452e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0960  hypothetical protein  40.06 
 
 
355 aa  255  8e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0497  A/G-specific adenine glycosylase  43.23 
 
 
358 aa  255  8e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248511  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3368  A/G-specific adenine glycosylase  39.04 
 
 
365 aa  254  1e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1108  A/G-specific adenine glycosylase  41.4 
 
 
354 aa  254  1e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  5.62379e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0076  A/G-specific adenine glycosylase  39.26 
 
 
354 aa  254  1e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1056  A/G-specific adenine glycosylase  42.98 
 
 
349 aa  254  2e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.992561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3104  adenine DNA glycosylase  40.29 
 
 
350 aa  254  2e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400976 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0337  A/G-specific DNA-adenine glycosylase  41.74 
 
 
355 aa  253  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.625053  normal  0.0756352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>