More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4319 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
483 aa  947    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  70.59 
 
 
493 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  44.03 
 
 
496 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  42.23 
 
 
477 aa  350  5e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.65 
 
 
477 aa  346  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.55 
 
 
508 aa  342  7e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  43.76 
 
 
510 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.32 
 
 
499 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.1 
 
 
499 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.79 
 
 
517 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.37 
 
 
499 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.13 
 
 
493 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.45 
 
 
486 aa  324  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.78 
 
 
473 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.39 
 
 
502 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.53 
 
 
498 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  40.71 
 
 
472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.83 
 
 
472 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.3 
 
 
498 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.11 
 
 
480 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40 
 
 
472 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.29 
 
 
472 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.33 
 
 
480 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  44.42 
 
 
477 aa  296  8e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.61 
 
 
466 aa  286  4e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.65 
 
 
497 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.84 
 
 
497 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.84 
 
 
497 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.6 
 
 
467 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.71 
 
 
472 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  40.48 
 
 
473 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.03 
 
 
478 aa  259  8e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.55 
 
 
482 aa  238  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  36.62 
 
 
470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.54 
 
 
465 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.71 
 
 
465 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.77 
 
 
473 aa  232  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.45 
 
 
484 aa  229  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  44.37 
 
 
482 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.16 
 
 
471 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.72 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
471 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.18 
 
 
495 aa  220  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.69 
 
 
495 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.17 
 
 
495 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.7 
 
 
462 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35 
 
 
471 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
495 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
495 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.64 
 
 
495 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  35.93 
 
 
472 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  35.93 
 
 
472 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  37.71 
 
 
499 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.95 
 
 
494 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.33 
 
 
503 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.79 
 
 
504 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
494 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.75 
 
 
502 aa  196  7e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.45 
 
 
501 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.76 
 
 
477 aa  192  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  36.55 
 
 
491 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.49 
 
 
503 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.8 
 
 
507 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
486 aa  191  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.29 
 
 
503 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.29 
 
 
503 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.99 
 
 
509 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
493 aa  188  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
485 aa  186  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
489 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.05 
 
 
483 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.66 
 
 
479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.46 
 
 
479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.23 
 
 
491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.85 
 
 
483 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
494 aa  183  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.56 
 
 
511 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  27.2 
 
 
489 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.71 
 
 
473 aa  181  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.69 
 
 
514 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.33 
 
 
512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.11 
 
 
512 aa  181  4e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.72 
 
 
484 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  27 
 
 
479 aa  180  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.47 
 
 
511 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.57 
 
 
569 aa  179  7e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.39 
 
 
484 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.54 
 
 
547 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.48 
 
 
476 aa  178  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.36 
 
 
483 aa  178  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.54 
 
 
529 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.02 
 
 
520 aa  176  6e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.7 
 
 
520 aa  176  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.37 
 
 
475 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
482 aa  176  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.29 
 
 
512 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4513  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.31 
 
 
480 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.224973  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.41 
 
 
483 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.68 
 
 
521 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>