More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4266 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 93 aa  183  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  61.11 
 
 		 90 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  63.33 
 
 		 90 aa  115  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  110  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  110  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  58.24 
 
 		 91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 106 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 91 aa  106  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  56.18 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 91 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  105  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  56.04 
 
 		 126 aa  104  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  58.89 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  60 
 
 		 91 aa  104  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 91 aa  104  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  56.04 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_004310  BR1105  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 91 aa  104  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.965912  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1362  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.102123  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  103  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  103  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  60 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  56.18 
 
 		 94 aa  103  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  51.65 
 
 		 91 aa  103  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 94 aa  103  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 94 aa  103  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 92 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  53.93 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  59.55 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 105 aa  103  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  57.78 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4682  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0505442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  54.95 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0956  DNA-binding protein HU-alpha  55.56 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>