More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4252 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4252  porin  100 
 
 		 385 aa  761    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  61.88 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  55.99 
 
 		 400 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  53.96 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  51.4 
 
 		 426 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  53.08 
 
 		 381 aa  361  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  50.69 
 
 		 431 aa  350  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  47.52 
 
 		 349 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  45.41 
 
 		 454 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  46.04 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  42.93 
 
 		 339 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  43.22 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  40.85 
 
 		 362 aa  233  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  42.68 
 
 		 362 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  41.79 
 
 		 355 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  42.42 
 
 		 355 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  40.66 
 
 		 348 aa  222  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  42.09 
 
 		 344 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  39.46 
 
 		 375 aa  194  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  38.75 
 
 		 348 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  39.11 
 
 		 366 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  38.06 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  37.67 
 
 		 374 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  36.6 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  36.14 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  37.43 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  36.55 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  34.44 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  34.25 
 
 		 344 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  36.05 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  32.96 
 
 		 350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  34.22 
 
 		 335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  33.58 
 
 		 335 aa  126  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.41 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  31.93 
 
 		 352 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.82 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  32.35 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.43 
 
 		 449 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.43 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.43 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.43 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.43 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.43 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  30.47 
 
 		 402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  31.52 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.48 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  30.9 
 
 		 392 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  30.9 
 
 		 392 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.53 
 
 		 360 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  31.74 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.5 
 
 		 361 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  32.23 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  31.71 
 
 		 363 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.7 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  32.16 
 
 		 359 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  28.72 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  31.19 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  30.96 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  30.96 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  32.76 
 
 		 344 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  30.71 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  30.58 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  33.72 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.71 
 
 		 351 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  32.11 
 
 		 383 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  31.47 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  31.47 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  30.77 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  31.08 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  30.84 
 
 		 384 aa  99.8  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  32.84 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  30.95 
 
 		 352 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  31.85 
 
 		 392 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  29.92 
 
 		 362 aa  99.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  30.95 
 
 		 352 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6809  porin gram-negative type  30 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.357402  hitchhiker  0.0000584942 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  42.19 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  32.69 
 
 		 365 aa  98.6  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  30.73 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  30.71 
 
 		 356 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  31.62 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  31.22 
 
 		 387 aa  97.1  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208027 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  27.93 
 
 		 375 aa  96.3  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  28.83 
 
 		 356 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  29.08 
 
 		 356 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  30.26 
 
 		 380 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  30.23 
 
 		 368 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  29.78 
 
 		 350 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  31.61 
 
 		 365 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  29.08 
 
 		 356 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  31.03 
 
 		 363 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  29.78 
 
 		 350 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  32.34 
 
 		 353 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1214  outer membrane porin  31.55 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2476  outer membrane porin precursor  31.55 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  32.04 
 
 		 357 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  29.78 
 
 		 350 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  31.45 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  30.37 
 
 		 355 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1520  outer membrane porin OpcP  30.68 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>