133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4247 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  100 
 
 		 223 aa  447  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  67.87 
 
 		 233 aa  299  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  68.3 
 
 		 251 aa  292  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  66.22 
 
 		 232 aa  288  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  64.71 
 
 		 225 aa  285  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  57.14 
 
 		 250 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  54.55 
 
 		 288 aa  245  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  62.33 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  48.42 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  46.19 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  45.81 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  47.96 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  47.51 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  47.53 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  46.61 
 
 		 226 aa  154  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  42.41 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  46.15 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  46.15 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  46.15 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  47.53 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  41.38 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  38.79 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  38.6 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  41.26 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  45.78 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  45.78 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  42.99 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1859  Urease accessory protein UreF  44.35 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.148323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  44.64 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  37.84 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  38.84 
 
 		 253 aa  138  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  43.04 
 
 		 229 aa  138  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  41.18 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  39.44 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  36.77 
 
 		 221 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  39.01 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  37.5 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  37.56 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  41.28 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  38.36 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  40.34 
 
 		 238 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  38.5 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  37.33 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  36.67 
 
 		 224 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  36.16 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  35.75 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  38.1 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0984  urease accessory protein UreF  34.27 
 
 		 269 aa  116  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.341569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  36.97 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  40.09 
 
 		 309 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  36.16 
 
 		 224 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  36.73 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  33.17 
 
 		 208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  37.99 
 
 		 229 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  37.95 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  32.86 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  35.65 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  37 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  37.28 
 
 		 238 aa  105  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  35 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  37.16 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  33.94 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  35.78 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2252  urease accessory protein F  35.17 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  34.51 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  34.53 
 
 		 237 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  37.44 
 
 		 239 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  37.22 
 
 		 250 aa  91.7  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  32.57 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 		 241 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2622  urease accessory protein F  33.33 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0673782  normal  0.796864 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 		 288 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  32.2 
 
 		 227 aa  88.6  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  34.39 
 
 		 231 aa  88.2  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64660  urease accessory protein UreF  36.82 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0385936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  32.08 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5615  urease accessory protein UreF  35.81 
 
 		 223 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  31.08 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  32.11 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  30.93 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  25.97 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  29.82 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0831  urease accessory protein UreF  24.47 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  30.84 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  25.68 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08881  urease accessory protein UreF  24.47 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.751902  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03460  urease accessory protein UreF  28.02 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  31.05 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08901  urease accessory protein UreF  23.81 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.460278  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  32.03 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  30.84 
 
 		 210 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  22.52 
 
 		 240 aa  72  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1360  urease accessory protein UreF, putative  25.68 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  28.96 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  26.79 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>