More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4218 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4218  ribosomal protein L21  100 
 
 
103 aa  204  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  93.14 
 
 
103 aa  192  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0751  50S ribosomal protein L21  91.26 
 
 
103 aa  188  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00510595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0839  50S ribosomal protein L21  91.26 
 
 
103 aa  188  3e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1268  ribosomal protein L21  86.41 
 
 
131 aa  186  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00033008  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  88.35 
 
 
103 aa  185  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  88.35 
 
 
103 aa  185  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  87.38 
 
 
103 aa  183  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3917  ribosomal protein L21  87.25 
 
 
103 aa  181  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  82.52 
 
 
103 aa  176  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0511  50S ribosomal protein L21  79.61 
 
 
103 aa  173  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0526818 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  76.24 
 
 
103 aa  162  2e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  75.25 
 
 
103 aa  162  2e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  75.25 
 
 
103 aa  162  2e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  75.25 
 
 
103 aa  160  4e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  74.76 
 
 
103 aa  160  5e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  159  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  70.87 
 
 
103 aa  158  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0099  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  2.05057e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3666  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  6.19372e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0581  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  1.78483e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0484  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00989792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2802  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000188755  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0509  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00322629  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0551  50S ribosomal protein L21  74.26 
 
 
103 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  1.032e-07  normal  0.0263071 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0194  50S ribosomal protein L21  70.3 
 
 
103 aa  152  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  3.99206e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3526  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248668  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3258  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1305  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2523  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.444595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0446  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1140  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3490  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  151  3e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761621  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0212  50S ribosomal protein L21  69.31 
 
 
103 aa  151  3e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.237362 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2652  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  150  6e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0214685  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3449  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  150  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00752607  hitchhiker  0.00404832 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0507  50S ribosomal protein L21  73.27 
 
 
103 aa  150  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  66.34 
 
 
103 aa  145  1e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1815  50S ribosomal protein L21  64.71 
 
 
103 aa  143  8e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  65.69 
 
 
104 aa  139  1e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.52954e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  56.31 
 
 
103 aa  124  4e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  57.43 
 
 
103 aa  123  8e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  57.43 
 
 
103 aa  123  8e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  59.41 
 
 
103 aa  123  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  59.41 
 
 
103 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  56.44 
 
 
103 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  56.44 
 
 
103 aa  122  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  56.44 
 
 
103 aa  122  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  57.43 
 
 
103 aa  122  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  60.19 
 
 
105 aa  122  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  56.44 
 
 
103 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  57.43 
 
 
102 aa  119  2e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.44419e-06  hitchhiker  2.01625e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2246  ribosomal protein L21  54.9 
 
 
103 aa  119  2e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  5.79103e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
104 aa  118  2e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
104 aa  118  2e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
104 aa  118  2e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  55.34 
 
 
103 aa  119  2e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
104 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  54.37 
 
 
103 aa  117  4e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  53.4 
 
 
103 aa  117  4e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 
115 aa  117  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0557  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
104 aa  117  8e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
115 aa  116  1e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  1.96723e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  52.48 
 
 
103 aa  112  1e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.30006e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  52.48 
 
 
103 aa  112  1e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.50093e-10  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0898  ribosomal protein L21  48.04 
 
 
103 aa  112  2e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.21247e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  112  2e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  2.70537e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  112  2e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  112  2e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.20592e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1008  50S ribosomal protein L21P  54.37 
 
 
103 aa  112  2e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.2148e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2182  ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  111  4e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.035762  normal  0.921653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  111  4e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2058  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 
102 aa  110  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.550778  normal  0.848803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  110  8e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.86548e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  110  8e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.90707e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  110  8e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.3092e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  110  8e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.68941e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  109  1e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.65275e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  51.49 
 
 
103 aa  109  1e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  109  1e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  109  1e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  6.34591e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0558  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  109  1e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  2.82146e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  48.54 
 
 
103 aa  109  1e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  50.98 
 
 
104 aa  109  1e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0793  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
103 aa  108  2e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.36829e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  49.5 
 
 
103 aa  108  2e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.80256e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  51.46 
 
 
104 aa  108  2e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.33447e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1004  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 
103 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.56676e-07  decreased coverage  3.56458e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.45664e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3360  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 
103 aa  108  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000107263  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  49.02 
 
 
104 aa  107  4e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 
103 aa  107  4e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  50.5 
 
 
103 aa  107  4e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2250  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
102 aa  107  4e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00445864  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0179  ribosomal protein L21  52.48 
 
 
102 aa  107  4e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.83343e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0954  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 
103 aa  107  4e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.361102  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 
103 aa  107  4e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  47.06 
 
 
103 aa  107  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  6.47108e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1613  ribosomal protein L21  48.04 
 
 
104 aa  107  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  1.43983e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  48.04 
 
 
103 aa  107  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  2.80512e-06  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>