46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4127 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4127  hypothetical protein  100 
 
 
190 aa  380  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0798  hypothetical protein  60.54 
 
 
192 aa  217  7e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0869  hypothetical protein  60 
 
 
192 aa  215  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.781426  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5459  hypothetical protein  60.69 
 
 
212 aa  212  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.681544  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3642  hypothetical protein  62.43 
 
 
196 aa  210  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.24777  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1293  hypothetical protein  58.05 
 
 
184 aa  188  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1320  hypothetical protein  57.71 
 
 
197 aa  187  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0185513  hitchhiker  0.00829075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0783  hypothetical protein  55.76 
 
 
231 aa  186  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0862  hypothetical protein  52.73 
 
 
201 aa  179  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0289469 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4009  hypothetical protein  38.82 
 
 
172 aa  92.4  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000604567 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1066  hypothetical protein  36.49 
 
 
196 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.567648 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2781  hypothetical protein  34.4 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2648  sterol-binding domain-containing protein  34.4 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238877  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6057  hypothetical protein  32.8 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0569  hypothetical protein  33.6 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0376  sterol-binding domain-containing protein  35.43 
 
 
214 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0217  hypothetical protein  35.56 
 
 
193 aa  67  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0651  Sterol-binding domain protein  31.78 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.934133 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1600  protein of unknown function DUF1243  34.81 
 
 
206 aa  65.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1895  hypothetical protein  32.37 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.254922  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0555  hypothetical protein  31.54 
 
 
215 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2730  hypothetical protein  32.8 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.722232  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2118  hypothetical protein  32.8 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2757  sterol-binding domain-containing protein  32.8 
 
 
208 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4048  hypothetical protein  32.56 
 
 
214 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.601005 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0685  hypothetical protein  30.77 
 
 
215 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0373  hypothetical protein  35.25 
 
 
223 aa  62.4  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.443261 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0669  hypothetical protein  30.77 
 
 
224 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2758  hypothetical protein  30.77 
 
 
215 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2400  hypothetical protein  30.77 
 
 
215 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2320  hypothetical protein  30.77 
 
 
215 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0847  hypothetical protein  30.77 
 
 
215 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4116  hypothetical protein  32.2 
 
 
189 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.804871  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2431  hypothetical protein  27.94 
 
 
207 aa  55.1  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0350  Sterol-binding domain protein  35.25 
 
 
220 aa  54.7  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.502099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0433  hypothetical protein  35.29 
 
 
222 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0335  Sterol-binding domain protein  36.07 
 
 
220 aa  52.4  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00563  hypothetical protein  28.35 
 
 
211 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0989  hypothetical protein  30.08 
 
 
193 aa  49.7  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001926  hypothetical protein  27.56 
 
 
211 aa  48.5  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0066  hypothetical protein  24.43 
 
 
204 aa  44.7  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2119  hypothetical protein  24.43 
 
 
204 aa  44.7  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.145601  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0460  hypothetical protein  31.01 
 
 
203 aa  43.9  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0697  hypothetical protein  30.77 
 
 
196 aa  42  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2819  hypothetical protein  25.34 
 
 
205 aa  42  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2971  hypothetical protein  37.5 
 
 
205 aa  41.6  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>