26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4055 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4055  hypothetical protein  100 
 
 
494 aa  1008    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.945685  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0674  hypothetical protein  58.18 
 
 
591 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.787225  normal  0.308405 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1796  hypothetical protein  30 
 
 
676 aa  187  5e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4129  hypothetical protein  26.89 
 
 
708 aa  171  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0203002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3314  hypothetical protein  29 
 
 
654 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.949501  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0196  hypothetical protein  26.96 
 
 
654 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.515468  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0143  ATP-dependent OLD family endonuclease  35.02 
 
 
681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128728  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0901  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.57 
 
 
672 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1398  hypothetical protein  31.42 
 
 
697 aa  100  6e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0885  hypothetical protein  23.18 
 
 
670 aa  97.8  4e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0242137  hitchhiker  0.00462841 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0571  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.46 
 
 
614 aa  83.2  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1680  hypothetical protein  33.12 
 
 
771 aa  59.3  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0387712  normal  0.041067 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.57 
 
 
615 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1696  hypothetical protein  28.69 
 
 
641 aa  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  44 
 
 
628 aa  47.8  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2697  AAA ATPase  43.14 
 
 
410 aa  47.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.308966  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3501  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  21.58 
 
 
582 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3725  ATPase  46.67 
 
 
455 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2313  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  36.59 
 
 
496 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0748402  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2611  hypothetical protein  28.09 
 
 
668 aa  45.1  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747487  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02258  hypothetical protein  56.76 
 
 
626 aa  44.3  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  45.45 
 
 
595 aa  44.3  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  36.36 
 
 
623 aa  43.9  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3137  ATPas  44.44 
 
 
449 aa  43.9  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.828607 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  47.73 
 
 
663 aa  43.5  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0527  ABC transporter related protein  41.07 
 
 
252 aa  43.5  0.01  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>