48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3951 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3951  hypothetical protein  100 
 
 
143 aa  283  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3067  hypothetical protein  42.86 
 
 
164 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0110363  hitchhiker  6.75932e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1321  hypothetical protein  42.86 
 
 
169 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.239376  hitchhiker  0.00361617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1243  hypothetical protein  42.86 
 
 
164 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00624627  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1287  hypothetical protein  42.06 
 
 
169 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0738123  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05215  hypothetical protein  50.52 
 
 
150 aa  87.8  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3053  hypothetical protein  37.07 
 
 
151 aa  85.9  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2825  hypothetical protein  35.04 
 
 
145 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2632  hypothetical protein  39.02 
 
 
142 aa  81.6  4e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.27751e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4032  hypothetical protein  42.62 
 
 
146 aa  80.1  9e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188724  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3918  hypothetical protein  42.62 
 
 
146 aa  80.1  9e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1327  hypothetical protein  35.29 
 
 
162 aa  78.2  3e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1194  Protein of unknown function DUF2141  30.53 
 
 
144 aa  78.2  3e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0350  hypothetical protein  30.83 
 
 
152 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0357  hypothetical protein  30.83 
 
 
152 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.516954  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3636  hypothetical protein  41.11 
 
 
142 aa  69.3  2e-11  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0471339  normal  0.0373236 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1297  hypothetical protein  28.89 
 
 
168 aa  68.2  3e-11  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3440  hypothetical protein  38.53 
 
 
142 aa  67.4  6e-11  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.764522  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4915  hypothetical protein  32 
 
 
135 aa  67.4  6e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.226348  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3749  hypothetical protein  38.46 
 
 
142 aa  66.6  1e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.642558  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3039  hypothetical protein  34.86 
 
 
139 aa  65.9  2e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.112157 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4785  hypothetical protein  30.33 
 
 
153 aa  65.5  3e-10  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.719029  normal  0.162174 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1319  hypothetical protein  31.15 
 
 
152 aa  64.7  4e-10  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.271113  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1087  hypothetical protein  28.33 
 
 
157 aa  62.4  2e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1042  hypothetical protein  29.82 
 
 
156 aa  61.6  3e-09  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0670171  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4023  hypothetical protein  34.78 
 
 
151 aa  62  3e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.792226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2584  hypothetical protein  29.86 
 
 
155 aa  61.6  4e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5639  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1595  hypothetical protein  35.63 
 
 
170 aa  61.2  4e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619778  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5037  hypothetical protein  41.03 
 
 
155 aa  59.7  1e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1896  hypothetical protein  30.7 
 
 
151 aa  60.1  1e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000720474  hitchhiker  0.000884607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5198  hypothetical protein  36.36 
 
 
148 aa  58.9  2e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.169893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0235  hypothetical protein  33.62 
 
 
145 aa  58.9  2e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08966  hypothetical protein  39.47 
 
 
138 aa  58.9  2e-08  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.520558  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1620  hypothetical protein  38.36 
 
 
171 aa  58.5  3e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5428  hypothetical protein  45.31 
 
 
159 aa  57.8  5e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0342  Protein of unknown function DUF2141  32.58 
 
 
149 aa  57.4  6e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  1.03286e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1117  hypothetical protein  29.63 
 
 
179 aa  57  8e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  6.88301e-10  normal  0.70416 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1661  hypothetical protein  27.83 
 
 
142 aa  56.2  1e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  2.3194e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1469  hypothetical protein  27.43 
 
 
171 aa  55.1  3e-07  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5466  Protein of unknown function DUF2141  36.17 
 
 
156 aa  52.4  2e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1202  hypothetical protein  29.9 
 
 
172 aa  52  3e-06  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0422688 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3923  hypothetical protein  27.78 
 
 
155 aa  51.2  5e-06  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3527  hypothetical protein  39.44 
 
 
151 aa  49.7  2e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1550  hypothetical protein  26.4 
 
 
157 aa  48.9  3e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  5.69387e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3137  hypothetical protein  32.04 
 
 
129 aa  48.1  4e-05  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.817906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2599  hypothetical protein  31.16 
 
 
170 aa  47.4  7e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.213082  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3889  hypothetical protein  30.47 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0103  hypothetical protein  32.31 
 
 
164 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>