More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3896 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3896  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
397 aa  810    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00515668  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3050  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  80.84 
 
 
398 aa  649    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.682037  normal  0.134859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3513  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  80.27 
 
 
387 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.590077  normal  0.347473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
395 aa  259  4e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  36.02 
 
 
396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
406 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4446  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase /bile acid-inducible protein F  38.22 
 
 
393 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.24 
 
 
411 aa  226  6e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.03 
 
 
406 aa  225  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.5 
 
 
435 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  38.03 
 
 
396 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.19 
 
 
409 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  38.03 
 
 
395 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  37.99 
 
 
382 aa  224  3e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.89 
 
 
382 aa  223  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.81 
 
 
411 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.16 
 
 
423 aa  223  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.03 
 
 
418 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
405 aa  222  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.72 
 
 
407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  35.53 
 
 
406 aa  218  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.77 
 
 
418 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
407 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
407 aa  218  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1186  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.47 
 
 
391 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.972451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.94 
 
 
388 aa  216  5e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1666  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.47 
 
 
391 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 
434 aa  216  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7488  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.98 
 
 
406 aa  216  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.800783  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  36.9 
 
 
396 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.93 
 
 
415 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
419 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.5 
 
 
412 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
409 aa  213  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.85 
 
 
408 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  31.94 
 
 
393 aa  211  1e-53  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.93 
 
 
383 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0423169 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  34.22 
 
 
412 aa  211  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.73 
 
 
417 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.34 
 
 
416 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
404 aa  211  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  32.98 
 
 
393 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1639  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.49 
 
 
386 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1584  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
388 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.554978  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
394 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.93 
 
 
415 aa  210  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.1 
 
 
395 aa  209  5e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  31.51 
 
 
427 aa  209  5e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.23 
 
 
409 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.28 
 
 
424 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
413 aa  209  5e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.49 
 
 
388 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181246  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.28 
 
 
387 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.11 
 
 
415 aa  209  8e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4617  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.11 
 
 
388 aa  209  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7159  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
413 aa  209  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.18 
 
 
406 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5748  Formyl-CoA transferase  35.36 
 
 
397 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.87 
 
 
413 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.19 
 
 
394 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
416 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.78 
 
 
384 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1754  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.6 
 
 
508 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.67 
 
 
413 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.82 
 
 
407 aa  207  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2780  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.6 
 
 
508 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3055  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.6 
 
 
508 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2647  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.36 
 
 
502 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.185398  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
407 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2263  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.6 
 
 
503 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.549063  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.81 
 
 
406 aa  207  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2702  CAIB/BAIF family protein  36.36 
 
 
544 aa  207  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1536  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.6 
 
 
500 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.13 
 
 
415 aa  207  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3863  Formyl-CoA transferase  34.83 
 
 
426 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.859373  normal  0.485093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  30.67 
 
 
390 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  32.99 
 
 
395 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.07 
 
 
406 aa  206  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.37 
 
 
407 aa  206  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.79 
 
 
414 aa  206  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
407 aa  206  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
426 aa  205  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.36 
 
 
413 aa  205  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1834  CAIB/BAIF family CoA transferase  36.39 
 
 
479 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.46 
 
 
416 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.87 
 
 
412 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
407 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4518  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.79 
 
 
385 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1581  Formyl-CoA transferase  36.9 
 
 
413 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102552  hitchhiker  0.00374434 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  34.65 
 
 
424 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.91 
 
 
415 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3005  putative L-carnitine dehydratase/bileacid- inducible protein F  35.22 
 
 
405 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  34.28 
 
 
421 aa  204  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
413 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  34.48 
 
 
403 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.42 
 
 
412 aa  203  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  35.19 
 
 
385 aa  202  6e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  33.51 
 
 
406 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
406 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>