More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3843 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 348 aa  702    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  54.93 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4320  transcriptional regulator, LysR family  55.4 
 
 		 301 aa  292  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 301 aa  179  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.77 
 
 		 302 aa  179  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.21 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.27 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  173  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  173  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.5 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 320 aa  172  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.89 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 298 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 295 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.23 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  167  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 294 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  30.84 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.64 
 
 		 289 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>