More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3723 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 512 aa  1013    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  67.18 
 
 		 453 aa  580  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  65.77 
 
 		 442 aa  552  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  65.57 
 
 		 450 aa  550  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  62.53 
 
 		 469 aa  504  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  60.76 
 
 		 491 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  59.87 
 
 		 447 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  61.48 
 
 		 405 aa  478  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  59.35 
 
 		 446 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  53.91 
 
 		 451 aa  436  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  50.82 
 
 		 443 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  44.9 
 
 		 493 aa  356  5.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  42.86 
 
 		 497 aa  345  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  43.74 
 
 		 437 aa  323  7e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  43.35 
 
 		 441 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.68 
 
 		 434 aa  310  5e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.5 
 
 		 480 aa  302  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  38.74 
 
 		 478 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  38.97 
 
 		 488 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  39.26 
 
 		 484 aa  295  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.09 
 
 		 468 aa  280  5e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.33 
 
 		 489 aa  277  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.9 
 
 		 539 aa  238  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.75 
 
 		 484 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.35 
 
 		 456 aa  229  8e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  34.38 
 
 		 438 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.14 
 
 		 450 aa  226  9e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  35.1 
 
 		 445 aa  223  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.33 
 
 		 461 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  33.94 
 
 		 440 aa  213  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  33.41 
 
 		 442 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  32.17 
 
 		 470 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.01 
 
 		 442 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  31.71 
 
 		 462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  33.57 
 
 		 482 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.7 
 
 		 453 aa  200  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  32.65 
 
 		 464 aa  199  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  32.65 
 
 		 464 aa  199  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.52 
 
 		 452 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  31.82 
 
 		 454 aa  197  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.79 
 
 		 489 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  30.65 
 
 		 449 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  32.36 
 
 		 444 aa  196  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.52 
 
 		 442 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  32.95 
 
 		 431 aa  195  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 463 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  32.09 
 
 		 434 aa  194  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  31.94 
 
 		 616 aa  193  6e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  32.17 
 
 		 481 aa  193  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.94 
 
 		 616 aa  193  7e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3159  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.91 
 
 		 449 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334096  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.63 
 
 		 455 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  32.88 
 
 		 465 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.87 
 
 		 445 aa  191  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  32.18 
 
 		 479 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.21 
 
 		 446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.51 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.86 
 
 		 477 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.92 
 
 		 479 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  31.65 
 
 		 441 aa  190  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  32.31 
 
 		 435 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  32.3 
 
 		 435 aa  189  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.96 
 
 		 498 aa  189  8e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  30.58 
 
 		 463 aa  189  8e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.55 
 
 		 477 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3328  ABC transporter, permease protein  31.57 
 
 		 456 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262756  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  32.31 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  32.31 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.55 
 
 		 477 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.52 
 
 		 456 aa  188  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.02 
 
 		 478 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.88 
 
 		 446 aa  188  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  31.97 
 
 		 443 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  30.71 
 
 		 494 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  30.16 
 
 		 493 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.16 
 
 		 493 aa  187  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  30.77 
 
 		 489 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  30.1 
 
 		 495 aa  187  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  30.16 
 
 		 493 aa  187  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  30.1 
 
 		 495 aa  187  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  30.16 
 
 		 493 aa  187  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.76 
 
 		 477 aa  187  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  30.16 
 
 		 493 aa  186  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.35 
 
 		 436 aa  186  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  32.08 
 
 		 435 aa  186  9e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  30.56 
 
 		 489 aa  186  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  30.56 
 
 		 489 aa  186  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  30.56 
 
 		 489 aa  186  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  29.96 
 
 		 493 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  30.56 
 
 		 489 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  30.11 
 
 		 469 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  29.7 
 
 		 495 aa  184  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  32.06 
 
 		 452 aa  184  3e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  31.57 
 
 		 448 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  31.92 
 
 		 443 aa  183  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  29.24 
 
 		 497 aa  183  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  31.47 
 
 		 441 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.24 
 
 		 480 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  31.17 
 
 		 432 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.03 
 
 		 446 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000151154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>