131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3662 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  100 
 
 		 175 aa  354  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  49.36 
 
 		 191 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  48.41 
 
 		 205 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  43.23 
 
 		 153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  39.16 
 
 		 157 aa  118  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4558  nuclease (SNase domain protein)  44.38 
 
 		 179 aa  116  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  46.21 
 
 		 150 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  36.61 
 
 		 175 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  42.41 
 
 		 148 aa  107  6e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  38.04 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0156  nuclease (SNase-like)  36.57 
 
 		 228 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0216151  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  35.85 
 
 		 232 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  34.36 
 
 		 175 aa  98.6  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  34.36 
 
 		 175 aa  97.8  7e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  33.74 
 
 		 175 aa  97.4  8e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  32.32 
 
 		 174 aa  97.4  9e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  35.88 
 
 		 244 aa  95.9  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  35.54 
 
 		 164 aa  95.5  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  36.75 
 
 		 156 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  44.22 
 
 		 162 aa  94.7  6e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  35.09 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  36.76 
 
 		 185 aa  91.3  7e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  35.15 
 
 		 225 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  35.54 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  34.9 
 
 		 206 aa  89  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0143  putative nuclease  35.86 
 
 		 193 aa  87.8  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  unclonable  0.000000000478675  hitchhiker  0.000499621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  33.7 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  40.3 
 
 		 182 aa  86.7  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  32.05 
 
 		 153 aa  85.9  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  33.54 
 
 		 221 aa  85.5  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  36.05 
 
 		 183 aa  85.1  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  32.93 
 
 		 221 aa  84.7  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  33.93 
 
 		 171 aa  85.1  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  33.53 
 
 		 227 aa  84.7  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  40.6 
 
 		 153 aa  84.3  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  38.89 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  34.06 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  34.25 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  33.14 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  35.66 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  37.5 
 
 		 158 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  36.11 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  31.01 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19010  nuclease  30.72 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.461402  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51840  nuclease  32.3 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  36.96 
 
 		 153 aa  81.3  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  32.05 
 
 		 161 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  34.55 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  29.33 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  36.62 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41180  nuclease  32.61 
 
 		 138 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.804446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  32.17 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0873  nuclease (SNase-like)  36.62 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  34.84 
 
 		 155 aa  74.7  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  28.82 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  33.54 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08950  nuclease  42.34 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.870151  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1190  nuclease  31.25 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0870678  normal  0.0174729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2800  nuclease  35.47 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0144279 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  36.3 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  30.07 
 
 		 184 aa  71.2  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  33.52 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  33.33 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2245  nuclease (SNase domain protein)  32.65 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2235  nuclease (SNase domain protein)  30.86 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.197015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2219  nuclease (SNase domain protein)  32.22 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  31.55 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2046  nuclease (SNase-like)  29.33 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.879712  normal  0.484882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1985  nuclease (SNase domain protein)  30.29 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.242918  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  35.76 
 
 		 212 aa  64.7  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  36.36 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  34.76 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4688  nuclease (SNase-like)  32.95 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  33.13 
 
 		 202 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3707  nuclease (SNase domain protein)  29.09 
 
 		 171 aa  57.8  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.112464  normal  0.156975 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3653  nuclease (SNase domain protein)  29.09 
 
 		 171 aa  57.8  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  28.39 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4945  nuclease  33.85 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.377656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0065  nuclease  32.64 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3964  nuclease  37.19 
 
 		 114 aa  53.9  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  31.78 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9251  predicted protein  26.88 
 
 		 164 aa  53.1  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2776  nuclease (SNase-like)  27.52 
 
 		 186 aa  52.4  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2309  nuclease  33.58 
 
 		 214 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9903  succinoglycan biosynthesis protein  32.75 
 
 		 168 aa  52  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1584  nuclease (SNase domain protein)  29.71 
 
 		 134 aa  52  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.231891  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  27.84 
 
 		 161 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2185  nuclease (SNase-like)  35.07 
 
 		 226 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0516  nuclease  24.43 
 
 		 189 aa  49.7  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439646  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  32.19 
 
 		 534 aa  49.7  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4496  nuclease  26.62 
 
 		 187 aa  48.9  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2100  nuclease (SNase-like)  35.96 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0857  nuclease  34.33 
 
 		 214 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6820  nuclease (SNase domain protein)  27.22 
 
 		 226 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0330594  normal  0.398913 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0594  Excalibur domain-containing protein  30.43 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.535797  normal  0.187659 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0805  nuclease (SNase-like)  27.22 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2357  nuclease  29.14 
 
 		 221 aa  48.5  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0782  nuclease (SNase-like)  31.76 
 
 		 242 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1591  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>