More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3561 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3561  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 
420 aa  806    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0578  sodium/hydrogen exchanger  39.95 
 
 
756 aa  307  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1107  sodium/hydrogen exchanger  41.13 
 
 
775 aa  276  7e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112633  normal  0.12903 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1335  sodium/hydrogen exchanger  39.66 
 
 
482 aa  273  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3520  Na+/H+-exchanging protein (Na+/H+ antiporter)  38.52 
 
 
764 aa  272  7e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1281  sodium/hydrogen exchanger  44.07 
 
 
460 aa  266  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.345739  normal  0.428465 
 
 
-
 
NC_002950  PG1792  sodium/hydrogen antiporter  39.15 
 
 
767 aa  263  6e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3878  sodium/hydrogen exchanger  38.63 
 
 
715 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.267583  normal  0.485697 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3828  sodium/hydrogen exchanger  38.63 
 
 
715 aa  261  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0546  Na+/H+ antiporter  41.6 
 
 
715 aa  260  3e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2552  sodium/hydrogen exchanger  38.39 
 
 
747 aa  256  5e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.803467  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1632  Sodium/hydrogen exchanger  38.57 
 
 
723 aa  247  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.531828 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5898  Kef-type K+ transport systems membrane components-like protein  42.16 
 
 
683 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103243  normal  0.0297868 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0736  sodium/hydrogen exchanger  38 
 
 
495 aa  239  5e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.67035  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1396  sodium/hydrogen exchanger  41.25 
 
 
689 aa  239  5.999999999999999e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0052164  normal  0.118619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3558  sodium/hydrogen exchanger  37.78 
 
 
455 aa  237  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.790544  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1474  sodium/hydrogen exchanger  39.58 
 
 
703 aa  232  1e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00326365  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4342  sodium/hydrogen exchanger  39.86 
 
 
416 aa  228  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.322852  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04834  transporter, monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family  38.05 
 
 
421 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2302  sodium/hydrogen exchanger  34.6 
 
 
423 aa  222  9.999999999999999e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.113166  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43795  K(+)/H(+) antiporter  35.54 
 
 
816 aa  212  1e-53  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  unclonable  0.00004515  normal  0.344688 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0791  Na+/H+ antiporter, putative  34.51 
 
 
448 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0935  sodium/hydrogen exchanger  34.51 
 
 
448 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3562  sodium/hydrogen exchanger  38.26 
 
 
429 aa  208  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4036  sodium/hydrogen exchanger  39.23 
 
 
422 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.554914  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4109  sodium/hydrogen exchanger  36.41 
 
 
425 aa  199  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.478962 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3445  sodium/hydrogen exchanger  36.64 
 
 
427 aa  198  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243488 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1229  sodium/hydrogen exchanger  36.14 
 
 
410 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.440766  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1098  sodium/hydrogen exchanger  35.35 
 
 
419 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000276702  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0143  sodium/hydrogen exchanger  37.62 
 
 
410 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.144087  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1572  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  37.62 
 
 
410 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1654  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  37.38 
 
 
410 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.148564  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01670  potassium:hydrogen antiporter, putative  34.84 
 
 
951 aa  187  4e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3175  sodium/hydrogen exchanger  42.34 
 
 
416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0928  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.63 
 
 
430 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.501208  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5813  sodium/hydrogen exchanger  35.06 
 
 
414 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2132  sodium/hydrogen exchanger  39.29 
 
 
425 aa  180  4.999999999999999e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01290  potassium ion/proton antiporter (Eurofung)  36.48 
 
 
883 aa  175  9.999999999999999e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.721044  normal  0.960342 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4038  sodium/hydrogen exchanger  34.91 
 
 
406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6043  sodium/hydrogen exchanger  33.41 
 
 
414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3484  sodium/hydrogen exchanger  35.47 
 
 
406 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.861174  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3462  sodium/hydrogen exchanger  34.15 
 
 
750 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0330875 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0913  sodium/hydrogen exchanger  32 
 
 
413 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.714733 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2757  sodium/hydrogen exchanger family protein  35.25 
 
 
442 aa  169  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.224799  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2714  sodium/hydrogen exchanger  37 
 
 
439 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1391  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  34.86 
 
 
547 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0450  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  34.86 
 
 
625 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26198  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2617  sodium/hydrogen exchanger  34.86 
 
 
592 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.129932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1126  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  34.88 
 
 
410 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.251778  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1208  sodium/hydrogen exchanger  34.88 
 
 
410 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0581239  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0173  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  34.88 
 
 
410 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.661692  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1476  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  34.59 
 
 
547 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0269203  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4159  sodium/hydrogen exchanger  30.64 
 
 
446 aa  152  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6352  sodium/hydrogen exchanger  33.08 
 
 
436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3112  sodium/hydrogen exchanger  29.7 
 
 
748 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2667  sodium/hydrogen exchanger  34.08 
 
 
435 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2825  sodium/hydrogen exchanger  31.54 
 
 
749 aa  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1782  sodium/hydrogen exchanger  32.92 
 
 
389 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3439  sodium/hydrogen exchanger  29.67 
 
 
445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2193  sodium/hydrogen exchanger  30.63 
 
 
460 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0995  sodium/hydrogen exchanger  33.89 
 
 
452 aa  133  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0667  potassium efflux system protein  28.35 
 
 
375 aa  127  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1521  germination protein gerN  27.8 
 
 
387 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000601236  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0873  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4462  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.765663 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0729  potassium efflux system protein  27.34 
 
 
375 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1639  germination protein gern  27.8 
 
 
387 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.481694  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0780  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0729  Na+/H+ antiporter (NapA)  27.09 
 
 
375 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0819  germination protein gern  27.09 
 
 
375 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0915  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42795e-41 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3203  sodium/hydrogen exchanger  29.76 
 
 
404 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3669  germination protein gerN  27.29 
 
 
387 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000427463  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1320  sodium/hydrogen exchanger  28.54 
 
 
382 aa  123  5e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3230  sodium/hydrogen exchanger  30.36 
 
 
401 aa  123  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1706  germination protein gerN  27.56 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0163  sodium/hydrogen exchanger  28.31 
 
 
435 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0515868 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1780  germination protein gerN  27.56 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00295662  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1493  Na+/H+ exchanger family protein  27.56 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000735632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1483  Na+/H+ exchanger family protein  27.56 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000497564  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1729  germination protein gerN  27.56 
 
 
387 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1332  potassium efflux system protein  27.23 
 
 
385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1675  germination protein gerN  27.32 
 
 
387 aa  120  6e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000302392  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2332  sodium/hydrogen exchanger  31.71 
 
 
444 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0910  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  118  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0715  Na+/H+ antiporter (NapA)  27.09 
 
 
375 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1004  sodium/hydrogen exchanger  32.95 
 
 
444 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0864919  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2241  sodium/hydrogen exchanger  32.95 
 
 
444 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2049  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  32.09 
 
 
444 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0984  germination protein gerN  27.09 
 
 
375 aa  118  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2104  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  32.09 
 
 
444 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.134319  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1526  potassium efflux system protein  26.83 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.848534  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2633  Na(+)/H(+) antiporter  26.75 
 
 
414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3440  sodium/hydrogen exchanger  30.56 
 
 
573 aa  113  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4248  sodium/hydrogen exchanger  29.81 
 
 
412 aa  112  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.646884  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1412  sodium/hydrogen exchanger  27.27 
 
 
424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1937  sodium/hydrogen exchanger  29.35 
 
 
412 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0655  sodium/hydrogen exchanger  30.45 
 
 
424 aa  111  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0227  monovalent cation:proton antiporter-2 (CPA2) family protein  27.13 
 
 
399 aa  111  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423497  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0841  sodium/hydrogen exchanger  24.94 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.278715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>