More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3550 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 313 aa  631  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 302 aa  336  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 321 aa  325  5e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  47.57 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 550 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 485 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 336 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 331 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 331 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 342 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 310 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 309 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1337  AraC family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 600 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.477585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3855  AraC family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4513  AraC family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.24786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  44.06 
 
 		 309 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 430 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 532 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 517 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 546 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 530 aa  80.5  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 409 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 409 aa  79  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  29.35 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  29.35 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.89 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 506 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 409 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  29.35 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.2 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  29.35 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  29.35 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  27.14 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  30.7 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  33 
 
 		 507 aa  77  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.85 
 
 		 537 aa  75.9  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  32 
 
 		 507 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 493 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 365 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 773 aa  75.1  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  35.14 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 519 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  26.41 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.13 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  34.95 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  34.95 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 532 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 539 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>