More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3465 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3465  SNARE associated Golgi protein  100 
 
 
222 aa  444  1e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5129  SNARE associated Golgi protein  81.94 
 
 
244 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.958225 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1301  DedA protein (DSG-1 protein)  81.31 
 
 
230 aa  363  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0955835  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1467  SNARE associated Golgi protein  81.9 
 
 
213 aa  362  4e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4224  DedA protein (DSG-1 protein)  72.27 
 
 
220 aa  346  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0539738  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2029  DedA protein (DSG-1 protein)  75.58 
 
 
218 aa  345  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3208  DedA protein (DSG-1 protein)  71.83 
 
 
215 aa  344  7e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.043821  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1167  DedA protein (DSG-1 protein)  73.52 
 
 
219 aa  342  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482076  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0895  SNARE associated Golgi protein  79.63 
 
 
220 aa  340  9e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0980  DedA protein (DSG-1 protein)  79.17 
 
 
220 aa  340  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275118  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3305  DedA protein (DSG-1 protein)  72.86 
 
 
215 aa  337  7e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25714  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1127  SNARE associated Golgi protein  69.16 
 
 
219 aa  323  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.325402 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3333  hypothetical protein  54.34 
 
 
220 aa  232  4e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00119993  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2866  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  226  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2799  hypothetical protein  54.67 
 
 
220 aa  227  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1466  hypothetical protein  54.21 
 
 
221 aa  224  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1369  hypothetical protein  50.7 
 
 
221 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25777  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1169  SNARE associated Golgi protein  50 
 
 
217 aa  223  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.922899  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2609  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36856  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2597  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.651507 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2555  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2509  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2473  hypothetical protein  53.59 
 
 
219 aa  222  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2611  hypothetical protein  54.15 
 
 
219 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2718  hypothetical protein  52.05 
 
 
219 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261998  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0575  DedA family protein  53.57 
 
 
213 aa  220  1e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.684924  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3163  hypothetical protein  51.39 
 
 
213 aa  220  1e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2695  hypothetical protein  53.11 
 
 
219 aa  219  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3457  hypothetical protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1339  SNARE associated Golgi protein-like protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.217693  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02202  hypothetical protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02242  conserved inner membrane protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1335  hypothetical protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.64425 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2468  hypothetical protein  52.66 
 
 
219 aa  218  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2768  hypothetical protein  53.4 
 
 
212 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375842  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3395  SNARE associated Golgi protein  51.85 
 
 
216 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2715  SNARE associated Golgi protein  51.39 
 
 
221 aa  215  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.65306 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1530  hypothetical protein  52.58 
 
 
220 aa  214  6e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0360  hypothetical protein  52.58 
 
 
220 aa  214  6e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1421  hypothetical protein  52.58 
 
 
220 aa  214  6e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2575  hypothetical protein  49.55 
 
 
232 aa  215  6e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1474  SNARE associated Golgi protein  51.71 
 
 
214 aa  213  2e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11720  hypothetical protein  52 
 
 
221 aa  213  2e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1987  SNARE associated Golgi protein  50 
 
 
222 aa  211  5e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.446526  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2907  hypothetical protein  50.67 
 
 
219 aa  211  5e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2559  DEDA DSG-1 protein transmembrane  51.58 
 
 
218 aa  208  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0105855  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1076  hypothetical protein  51 
 
 
221 aa  208  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1150  SNARE associated Golgi protein  46.76 
 
 
224 aa  207  7e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.66321e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3933  DedA family transmembrane protein  50 
 
 
223 aa  204  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.95062  hitchhiker  0.00056893 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0751  SNARE associated Golgi protein  48.42 
 
 
223 aa  204  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2620  SNARE associated Golgi protein  49.55 
 
 
227 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0585  SNARE associated Golgi protein  52.94 
 
 
215 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.654254 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2484  SNARE associated Golgi protein  50.23 
 
 
229 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87707  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1142  SNARE associated Golgi protein  51.63 
 
 
216 aa  203  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2835  SNARE associated Golgi protein  52.17 
 
 
215 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2429  SNARE associated Golgi protein  52.17 
 
 
215 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1759  hypothetical protein  52.25 
 
 
213 aa  202  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.335415  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3233  SNARE associated Golgi protein  48.85 
 
 
230 aa  201  6e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0801636 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2156  SNARE associated Golgi protein  48.42 
 
 
215 aa  199  2e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42104e-05 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2527  membrane protein, DedA family  48.42 
 
 
215 aa  199  2e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0592  SNARE associated Golgi protein  53.44 
 
 
215 aa  198  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1321  hypothetical protein  47.58 
 
 
253 aa  197  1e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.777218  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3296  DedA family membrane protein  48.89 
 
 
226 aa  196  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0603316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2191  DedA family membrane protein  48.89 
 
 
226 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1084  dedA family protein  48.89 
 
 
226 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2313  dedA family protein  48.89 
 
 
226 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0515  dedA family protein  48.89 
 
 
226 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.557526  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0086  SNARE associated Golgi protein  49.3 
 
 
216 aa  194  6e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.862215  hitchhiker  0.00916794 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1148  hypothetical protein  43.33 
 
 
211 aa  194  6e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3263  DedA family membrane protein  48.44 
 
 
242 aa  194  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666613  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3307  hypothetical protein  48.44 
 
 
283 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1943  DedA protein  50 
 
 
220 aa  192  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.777005  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4994  hypothetical protein  50.95 
 
 
216 aa  191  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.579773 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0005  integral membrane protein; DedA family protein  47.25 
 
 
218 aa  191  8e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0540  SNARE associated Golgi protein  52.94 
 
 
215 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2201  hypothetical protein  44.44 
 
 
218 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2173  hypothetical protein  45.41 
 
 
218 aa  189  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3854  DedA family transmembrane protein  49.09 
 
 
227 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0579  SNARE associated Golgi protein  52.94 
 
 
215 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.6837  normal  0.582888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0735  SNARE associated Golgi protein  49.09 
 
 
244 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.633458  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0994  DedA family protein  44.39 
 
 
214 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00874601  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0191  hypothetical protein  43.46 
 
 
220 aa  189  4e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0667  DedA family protein  44.6 
 
 
227 aa  188  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.385755  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1159  dedA protein  43.93 
 
 
214 aa  187  8e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  6.84044e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0244  SNARE associated Golgi protein  49.77 
 
 
237 aa  187  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.052895  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2425  hypothetical protein  49.07 
 
 
262 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0303  DedA protein  53.51 
 
 
222 aa  187  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0766  DedA family transmembrane protein  48.64 
 
 
244 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0282  DedA family transmembrane protein  48.64 
 
 
244 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0724  DedA family protein  48.1 
 
 
215 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0661  DedA family transmembrane protein  48.62 
 
 
257 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0686  SNARE associated Golgi protein  48.62 
 
 
257 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.47961  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0626  hypothetical protein  48.57 
 
 
215 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2987  hypothetical protein  44.15 
 
 
245 aa  183  2e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27115  predicted protein  44.08 
 
 
252 aa  182  3e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000197052  normal  0.0145567 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0089  SNARE associated Golgi protein  47.57 
 
 
214 aa  182  4e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0592  DedA family protein  50 
 
 
219 aa  179  4e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1452  hypothetical protein  46.28 
 
 
237 aa  179  4e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00552947  normal  0.0731246 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02320  uncharacterized membrane-associated protein  43.32 
 
 
217 aa  174  9e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2641  SNARE associated Golgi protein  50 
 
 
226 aa  174  1e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>