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for query gene Vapar_3456 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
196 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
187 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
201 aa  90.9  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
187 aa  90.9  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
191 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
196 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  30.73 
 
 
186 aa  86.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  30.73 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
198 aa  85.9  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
188 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
179 aa  84.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.07 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
197 aa  84  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  32.07 
 
 
195 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
193 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
188 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  28.98 
 
 
179 aa  82  0.000000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  29.35 
 
 
187 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 
190 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
188 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
189 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
187 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
187 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
187 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 
216 aa  76.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
187 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
167 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
600 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
193 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
193 aa  72.8  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
193 aa  70.9  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  25.71 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
188 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 
196 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 
196 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0300  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000186865  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
187 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
196 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
197 aa  64.3  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
198 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  22.99 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
201 aa  62.4  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
186 aa  61.6  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  22.6 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
194 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  23.73 
 
 
191 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
195 aa  58.9  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
195 aa  58.9  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
211 aa  57.4  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
190 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
199 aa  56.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
212 aa  56.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 
141 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
192 aa  55.5  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2546  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
213 aa  55.1  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.768933 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
193 aa  55.1  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0008  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 
195 aa  54.7  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.643837 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
212 aa  54.7  0.0000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3297  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
98 aa  54.3  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.368335  normal  0.535572 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
243 aa  54.3  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
193 aa  54.3  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  52.94 
 
 
198 aa  54.3  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
222 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 
213 aa  54.3  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  26.02 
 
 
205 aa  54.3  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1746  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 
195 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 
183 aa  53.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 
205 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
213 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.27798 
 
 
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NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 
196 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
218 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
211 aa  52.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
201 aa  52.8  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.55388 
 
 
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NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  30.84 
 
 
196 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
238 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
201 aa  52.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
201 aa  52.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
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NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 
193 aa  52.8  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
202 aa  52.4  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
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