More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3429 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3429  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
407 aa  795    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  71.39 
 
 
417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  71.85 
 
 
413 aa  579  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  71.11 
 
 
405 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  69.42 
 
 
406 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  71.11 
 
 
405 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  71.46 
 
 
412 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1663  major facilitator superfamily transporter  70.5 
 
 
430 aa  538  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.145421  normal  0.283107 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  68.01 
 
 
407 aa  534  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  67.67 
 
 
414 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  65.83 
 
 
408 aa  525  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2359  major facilitator transporter  59.3 
 
 
425 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.313379  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2522  major facilitator transporter  58.08 
 
 
403 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957719  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  57.21 
 
 
410 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  50 
 
 
402 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  50.9 
 
 
400 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  50.9 
 
 
400 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  50.39 
 
 
406 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  49.61 
 
 
410 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  49.74 
 
 
402 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1652  major facilitator transporter  51.14 
 
 
402 aa  348  9e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  49.74 
 
 
402 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  49.35 
 
 
405 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  51.81 
 
 
402 aa  342  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47560  putative MFS transporter  52.07 
 
 
399 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.973553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2216  major facilitator transporter  49.11 
 
 
410 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  50.81 
 
 
400 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1761  major facilitator transporter  51.77 
 
 
401 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133349  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1093  major facilitator transporter  50 
 
 
410 aa  335  7e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121635  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  49.36 
 
 
410 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  49.61 
 
 
410 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  49.61 
 
 
410 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  45.04 
 
 
417 aa  333  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  45.1 
 
 
414 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4104  MFS family transporter  51.04 
 
 
399 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  49.61 
 
 
410 aa  331  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  47.3 
 
 
480 aa  326  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  44.81 
 
 
406 aa  325  8.000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3111  major facilitator superfamily MFS_1  48.06 
 
 
408 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3004  major facilitator superfamily MFS_1  48.68 
 
 
408 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0953  major facilitator transporter  43.95 
 
 
412 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  44.99 
 
 
436 aa  312  9e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2920  major facilitator transporter  47.63 
 
 
410 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1328  major facilitator superfamily MFS_1  47.54 
 
 
405 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1392  major facilitator superfamily MFS_1  47.78 
 
 
405 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306054  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0698  major facilitator transporter  43.81 
 
 
412 aa  305  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.933566 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  41.33 
 
 
404 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  40.21 
 
 
404 aa  299  6e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  43 
 
 
433 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  39.95 
 
 
404 aa  297  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  41.5 
 
 
412 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  41.5 
 
 
412 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  44.16 
 
 
409 aa  288  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  43.51 
 
 
409 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2770  major facilitator transporter  40.25 
 
 
414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  38.05 
 
 
421 aa  273  6e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  42.39 
 
 
398 aa  272  1e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  40.77 
 
 
528 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0055  major facilitator transporter  38.15 
 
 
415 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  42.56 
 
 
417 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  38.83 
 
 
412 aa  265  8.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0951  major facilitator transporter  38.46 
 
 
416 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161729  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4676  major facilitator superfamily MFS_1  39.79 
 
 
416 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3622  major facilitator transporter  38.93 
 
 
411 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.769068  normal  0.781308 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  38.54 
 
 
405 aa  255  9e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  39.26 
 
 
411 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  38.67 
 
 
411 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  38.23 
 
 
413 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3544  major facilitator transporter  39.34 
 
 
415 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3109  major facilitator transporter  40.85 
 
 
414 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.953505  normal  0.200859 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0111  transmembrane transporter  36.34 
 
 
411 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  36.34 
 
 
403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2977  major facilitator superfamily transporter  37.87 
 
 
412 aa  233  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719308  normal  0.188598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1698  major facilitator transporter  36.36 
 
 
427 aa  222  8e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.418951  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2922  transmembrane transport protein  38.83 
 
 
421 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1797  major facilitator transporter  36.76 
 
 
389 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1682  major facilitator transporter  35.12 
 
 
411 aa  196  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413695  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  30.43 
 
 
452 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  30.1 
 
 
433 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  29.58 
 
 
452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  28.68 
 
 
405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  31.59 
 
 
438 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  30.33 
 
 
442 aa  125  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  30.67 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  29.7 
 
 
418 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  28.42 
 
 
433 aa  110  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  30.33 
 
 
409 aa  110  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  28.33 
 
 
429 aa  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  28.24 
 
 
430 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  29.87 
 
 
431 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  28.07 
 
 
433 aa  106  8e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  29 
 
 
442 aa  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  28.01 
 
 
414 aa  103  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  25.82 
 
 
431 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  26.46 
 
 
457 aa  100  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>