117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3409 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3409  hypothetical protein  100 
 
 		 219 aa  420  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3190  hypothetical protein  56.28 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1409  Asp/Glu racemase  51.4 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0168107  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5144  Asp/Glu racemase  53.95 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238464  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1238  putative racemase  45.12 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.205483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0677  putative hydantoin racemase protein  42 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0966453  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  33.82 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.4 
 
 		 256 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.64 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.64 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  32.13 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  33.64 
 
 		 245 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.58 
 
 		 251 aa  85.5  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.81 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  33.18 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  30.23 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  29.95 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.45 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.33 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  29.77 
 
 		 229 aa  78.2  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  31.42 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3273  Asp/Glu racemase  33.17 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.325881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.8 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.09 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0955  hydantoin racemase  32.86 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5846  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.2 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  hitchhiker  0.000744144 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4993  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.96 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.561877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  30.77 
 
 		 248 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  29.47 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  30.91 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  30.91 
 
 		 327 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  30.91 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  30.91 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  30.91 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.63 
 
 		 245 aa  74.7  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  30.91 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.7 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  30.94 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  29.67 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  27.94 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3382  hydantoin racemase  32.38 
 
 		 229 aa  72  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1556  Asp/Glu racemase  39.69 
 
 		 267 aa  71.6  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1251  Asp/Glu/hydantoin racemase  39.57 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1006  Asp/Glu racemase  35.78 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719563  hitchhiker  0.00113636 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.81 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  29.81 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  29.52 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.01 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  29.81 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  29.81 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  28.7 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.05 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  28.02 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.19 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.33 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.81 
 
 		 263 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.4 
 
 		 247 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  29.81 
 
 		 288 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  29.19 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  29.33 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  30.37 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  29.63 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5804  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.28 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372709  normal  0.802095 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.85 
 
 		 285 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  30.91 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  26.92 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  28.02 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0971  Asp/Glu racemase  32.39 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0912948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.98 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  32.86 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  27.19 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.29 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3417  Asp/Glu racemase  30.99 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.06 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  32.38 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  32.38 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2468  Asp/Glu racemase  34.05 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  29.47 
 
 		 243 aa  61.6  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3797  Asp/Glu racemase  33.63 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.175328  normal  0.366976 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.85 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  29.81 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  31.25 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  29.81 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  25.68 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.3 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4060  Asp/Glu racemase  34.29 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2031  putative hydantoin racemase  28.39 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3633  hypothetical protein  32.29 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.7 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.2 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.491688 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  34.21 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5914  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.16 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174556  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  28.85 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3463  putative hydantoin racemase  29.44 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4294  Asp/Glu racemase  30.85 
 
 		 252 aa  55.5  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3108  Asp/Glu racemase  29.44 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539324  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.67 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>