93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3400 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3400  protein of unknown function DUF1058  100 
 
 
153 aa  306  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.874568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1934  SH3 type 3 domain protein  48 
 
 
158 aa  121  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.890926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1788  SH3 type 3 domain-containing protein  48 
 
 
158 aa  121  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.292681  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3295  hypothetical protein  44.62 
 
 
158 aa  117  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0346  hypothetical protein  34.72 
 
 
149 aa  106  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00234847  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1509  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.54 
 
 
751 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0136849  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2312  hypothetical protein  36.07 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.418457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0986  hypothetical protein  36.84 
 
 
203 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2188  hypothetical protein  34.09 
 
 
197 aa  64.7  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3642  hypothetical protein  31.5 
 
 
199 aa  63.9  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000544722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3789  hypothetical protein  33.33 
 
 
186 aa  62.4  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0258  hypothetical protein  28.93 
 
 
157 aa  60.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3379  hypothetical protein  26.95 
 
 
183 aa  60.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393119  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4408  protein of unknown function DUF1058  26.88 
 
 
179 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4088  protein of unknown function DUF1058  29.55 
 
 
179 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2184  hypothetical protein  29.09 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.483241  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1942  hypothetical protein  33.33 
 
 
200 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398084  decreased coverage  0.00719314 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1125  hypothetical protein  28.57 
 
 
162 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3187  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.34 
 
 
474 aa  58.5  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0462523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0615  hypothetical protein  30.25 
 
 
174 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.190546  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1266  hypothetical protein  27.13 
 
 
185 aa  55.5  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0315  hypothetical protein  25 
 
 
179 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3345  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.52 
 
 
448 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3061  hypothetical protein  31.85 
 
 
188 aa  52  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2693  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.23 
 
 
616 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17431  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1215  NLP/P60 protein  37.66 
 
 
532 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0072  hypothetical protein  28.57 
 
 
137 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237291  normal  0.464662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0779  hypothetical protein  30.97 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2307  hypothetical protein  30.33 
 
 
173 aa  51.2  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0126  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.67 
 
 
907 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.861357  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0479  hypothetical protein  28.69 
 
 
200 aa  50.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0735  hypothetical protein  25.95 
 
 
190 aa  50.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0218  hypothetical protein  28.57 
 
 
174 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236167  normal  0.0484329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0353  hypothetical protein  30.16 
 
 
175 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4127  NLP/P60 protein  36.36 
 
 
532 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3942  hypothetical protein  26.14 
 
 
185 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0427  protein of unknown function DUF1058  30.95 
 
 
174 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0044  hypothetical protein  28.57 
 
 
185 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2128  NLP/P60 protein  34.78 
 
 
235 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00187925  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4384  NLP/P60 protein  36.71 
 
 
556 aa  48.5  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000240419  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0346  SCP-like extracellular  27.01 
 
 
261 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.557826  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2403  hypothetical protein  28.36 
 
 
156 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.482031  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1540  protein of unknown function DUF1058  32.43 
 
 
165 aa  48.5  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2176  hypothetical protein  24.59 
 
 
181 aa  48.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0391  SH3 type 3 domain-containing protein  29.25 
 
 
510 aa  48.5  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.744307 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2088  hypothetical protein  24.59 
 
 
245 aa  47.8  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1821  NLP/P60 protein  23.91 
 
 
430 aa  47.8  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000102093  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1176  hypothetical protein  23.2 
 
 
163 aa  47.4  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1765  M24/M37 family peptidase  23.74 
 
 
564 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000130231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1742  peptidase M23/M37 family protein  23.74 
 
 
564 aa  47.4  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000319429  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1903  M23/37 family peptidase  23.74 
 
 
564 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000402629  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1812  NLP/P60 family protein  25.6 
 
 
420 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000382267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1493  NLP/P60 protein  25.6 
 
 
418 aa  47  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000786314  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1787  NLP/P60 family protein  25.6 
 
 
420 aa  47.4  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000289825  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1988  putative cell wall peptidase, NlpC/P60 family  25.6 
 
 
420 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.1332199999999997e-59 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1938  peptidase, M23/M37 family  23.74 
 
 
564 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2868799999999999e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1952  NLP/P60 family protein  25.6 
 
 
420 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000344583  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2971  hypothetical protein  26.61 
 
 
204 aa  47  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1769  NLP/P60 family protein  25.6 
 
 
420 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000165376  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0462  SH3 type 3 domain-containing protein  32.24 
 
 
1751 aa  47  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.5468 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5027  NLP/P60 protein  28.06 
 
 
578 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000376094  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2059  putative cell wall peptidase, NlpC/P60 family  25.6 
 
 
426 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000850665  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3648  NLP/P60 protein  27.94 
 
 
391 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2037  NLP/P60 family protein  25.6 
 
 
426 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000532667  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3369  putative cell wall peptidase, NlpC/P60 family  23.53 
 
 
432 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000232864  unclonable  2.00404e-25 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  40.35 
 
 
292 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2690  L-alanyl-D-glutamate peptidase  24.14 
 
 
281 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1959  putative cell wall peptidase, NlpC/P60 family  23.53 
 
 
413 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000655429  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4125  hypothetical protein  30.43 
 
 
183 aa  44.7  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5357  putative cell wall hydrolase  25.9 
 
 
577 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000860779  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0731  hypothetical protein  30.69 
 
 
204 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.51746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1909  peptidase, M23/M37 family  24.81 
 
 
564 aa  43.9  0.0009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00585964  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5353  enterotoxin  24.46 
 
 
582 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000381193  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2620  L-alanyl-D-glutamate peptidase  24.14 
 
 
281 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000189687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0914  hypothetical protein  26.23 
 
 
190 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5324  enterotoxin  24.46 
 
 
598 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.216360000000001e-60 
 
 
-
 
NC_008263  CPR_A0006  bacteriocin  25 
 
 
1067 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4915  cell wall hydrolase; N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.46 
 
 
580 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  9.30619e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4930  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase; enterotoxin  24.46 
 
 
579 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000272032  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0614  hypothetical protein  26.72 
 
 
149 aa  43.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3412  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.6 
 
 
310 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000169904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5406  putative cell wall hydrolase  24.46 
 
 
582 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000566692  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2017  NLP/P60 protein  31.67 
 
 
536 aa  42.4  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.474847  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2333  SH3-like region  29.55 
 
 
205 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0682642  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  37.74 
 
 
245 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0036  hypothetical protein  23.46 
 
 
176 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.239823 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5603  putative cell wall hydrolase  26.09 
 
 
582 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000253963  unclonable  5.14343e-25 
 
 
-
 
NC_002620  TC0285  hypothetical protein  24.32 
 
 
446 aa  41.2  0.006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0121761  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2380  hypothetical protein  40 
 
 
163 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4584  hypothetical protein  29.08 
 
 
160 aa  40.4  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1153  SH3 type 3 domain-containing protein  26.06 
 
 
509 aa  40.4  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01485  peptidase  28.3 
 
 
377 aa  40.4  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5059  hypothetical protein  25.81 
 
 
182 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.549476 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>