More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3380 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3380  lytic murein transglycosylase B  100 
 
 		 363 aa  735    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0518683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  63.43 
 
 		 363 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  61.19 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2160  lytic murein transglycosylase B  62.4 
 
 		 361 aa  429  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  62.5 
 
 		 357 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  62.5 
 
 		 357 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2545  lytic murein transglycosylase B  65.08 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2383  lytic murein transglycosylase B  62.93 
 
 		 392 aa  408  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  62.06 
 
 		 365 aa  391  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1242  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  56.02 
 
 		 366 aa  378  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00209703  normal  0.108974 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2077  lytic murein transglycosylase B  50.44 
 
 		 390 aa  310  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0554951 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0755  lytic murein transglycosylase B  42.57 
 
 		 462 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  43.65 
 
 		 405 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  43.96 
 
 		 405 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  43.96 
 
 		 444 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  43.34 
 
 		 405 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2992  lytic murein transglycosylase B  43.21 
 
 		 392 aa  249  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106271  hitchhiker  0.00132596 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  40.53 
 
 		 409 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  41.88 
 
 		 456 aa  248  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  45.74 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  43.4 
 
 		 408 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  43.61 
 
 		 368 aa  246  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  43.34 
 
 		 448 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  43.34 
 
 		 406 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  42.72 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  42.72 
 
 		 431 aa  243  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  42.72 
 
 		 431 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  42.72 
 
 		 474 aa  242  6e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  42.72 
 
 		 458 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  42.72 
 
 		 431 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  42.72 
 
 		 452 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1056  lytic murein transglycosylase B  43.55 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  43.51 
 
 		 347 aa  239  5.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  42.95 
 
 		 361 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  40.5 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  40.5 
 
 		 359 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  40.22 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  40.22 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0918  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  41.75 
 
 		 372 aa  228  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.841841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  41.85 
 
 		 371 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  40.22 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  43.22 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  43.08 
 
 		 364 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  42.99 
 
 		 364 aa  226  3e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  47.96 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0788  lytic murein transglycosylase B  37.03 
 
 		 374 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.297958 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0859  lytic murein transglycosylase B  42 
 
 		 374 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  44.24 
 
 		 367 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  48.33 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  42.22 
 
 		 361 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  41.61 
 
 		 361 aa  222  8e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.61 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  41.61 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  42.17 
 
 		 356 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  47.96 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  41.61 
 
 		 361 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  41.3 
 
 		 361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  47.96 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  41.3 
 
 		 361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  41.3 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  47.58 
 
 		 336 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  47.58 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  42.19 
 
 		 381 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  42.25 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  47.37 
 
 		 348 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  47.37 
 
 		 336 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  47.37 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  41.89 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  47.71 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1547  lytic murein transglycosylase B  40.35 
 
 		 344 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1294  lytic murein transglycosylase B  40.66 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378747 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  45.11 
 
 		 341 aa  210  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  41.42 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  42.58 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  47.71 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  38.75 
 
 		 381 aa  206  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  42.36 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0509  lytic murein transglycosylase B  34.69 
 
 		 422 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  38.96 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  41.18 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  35.42 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  40.43 
 
 		 344 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  35.42 
 
 		 338 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  37.79 
 
 		 337 aa  187  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1385  membrane-bound lytic transglycosylase  38.73 
 
 		 370 aa  187  4e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0841166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1315  lytic murein transglycosylase B  38.73 
 
 		 370 aa  186  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.213474  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  36.34 
 
 		 356 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  39.27 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  36.78 
 
 		 356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3277  lytic murein transglycosylase B  36.78 
 
 		 356 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000759763  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3455  lytic murein transglycosylase B  36.49 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000138517  normal  0.0101722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2937  lytic murein transglycosylase B  42.65 
 
 		 335 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000220956  normal  0.0240906 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  36.89 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  40.91 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  40.53 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3151  lytic murein transglycosylase B  38.02 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000109427  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2871  lytic murein transglycosylase B  40.53 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000283207  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1558  lytic murein transglycosylase B  36.25 
 
 		 372 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000667171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>