More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3375 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 426 aa  835    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  65.77 
 
 		 427 aa  462  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  68.93 
 
 		 437 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  65.53 
 
 		 427 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  56.85 
 
 		 444 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  54.41 
 
 		 429 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  57.03 
 
 		 451 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  55.45 
 
 		 427 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  53.48 
 
 		 435 aa  392  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  55.64 
 
 		 452 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.71 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  38.71 
 
 		 449 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.71 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  38.71 
 
 		 449 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.71 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.71 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  38.71 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  36.49 
 
 		 450 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  34.1 
 
 		 451 aa  263  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 460 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  34.57 
 
 		 435 aa  260  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 460 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  36.04 
 
 		 451 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 458 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  38.36 
 
 		 420 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 457 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  35.25 
 
 		 451 aa  247  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  40.6 
 
 		 447 aa  233  6e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  35.28 
 
 		 412 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  42.86 
 
 		 422 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 		 457 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 		 454 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  35.9 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 		 505 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  35.61 
 
 		 461 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  35.61 
 
 		 461 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  34.42 
 
 		 456 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  36.23 
 
 		 437 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  31.61 
 
 		 456 aa  190  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  36.88 
 
 		 322 aa  187  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  35.31 
 
 		 437 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 		 440 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  32.12 
 
 		 439 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 		 451 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 432 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 475 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 435 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 479 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  30 
 
 		 448 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  34.6 
 
 		 291 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  33.65 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 637 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  33.13 
 
 		 432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  35.15 
 
 		 1120 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.2 
 
 		 806 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  33.84 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  35.15 
 
 		 1120 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  35.15 
 
 		 1120 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  34.13 
 
 		 1133 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  33.69 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.12 
 
 		 842 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  30.33 
 
 		 1144 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  33.45 
 
 		 636 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 447 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 843 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  37.31 
 
 		 636 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  34.45 
 
 		 1235 aa  142  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  34.77 
 
 		 1130 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 844 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  32.09 
 
 		 1118 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  32.09 
 
 		 1120 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  32.09 
 
 		 1120 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  32.09 
 
 		 1118 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  32.09 
 
 		 1118 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 447 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  32.75 
 
 		 495 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.34 
 
 		 825 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  29.5 
 
 		 441 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  33.45 
 
 		 1128 aa  138  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  32.5 
 
 		 1115 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  27.55 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1108 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1108 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1108 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1108 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  34.89 
 
 		 832 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1108 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 		 795 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  38.03 
 
 		 472 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1103 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  36.02 
 
 		 1107 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>