More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3348 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
443 aa  902  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 
444 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  30.07 
 
 
449 aa  187  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  29.38 
 
 
439 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.73 
 
 
422 aa  149  1e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 
422 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  29.73 
 
 
422 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  28.15 
 
 
447 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4078  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 
474 aa  141  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.305211  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
439 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
449 aa  137  3e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
436 aa  135  1e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
424 aa  135  2e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  27.15 
 
 
435 aa  130  5e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
444 aa  129  1e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 
435 aa  129  1e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  27.48 
 
 
439 aa  128  2e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
447 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
435 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
440 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.96 
 
 
443 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
442 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
446 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.81 
 
 
440 aa  124  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.41977e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
412 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 
428 aa  121  2e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 
433 aa  122  2e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.65 
 
 
496 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
436 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
442 aa  119  1e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 
495 aa  118  2e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 
436 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
440 aa  116  7e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
453 aa  116  7e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
439 aa  116  1e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
439 aa  116  1e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 
436 aa  115  1e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
412 aa  115  1e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 
454 aa  114  4e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 
439 aa  114  4e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 
458 aa  113  8e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
441 aa  113  8e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
428 aa  112  1e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  27.47 
 
 
450 aa  112  1e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
437 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 
436 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  30.62 
 
 
478 aa  111  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 
443 aa  110  4e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  26.05 
 
 
436 aa  110  4e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
436 aa  110  4e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.29 
 
 
438 aa  110  4e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
436 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
440 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
435 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  29.71 
 
 
440 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
444 aa  110  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
436 aa  109  8e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 
498 aa  109  9e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
440 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
438 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  27.09 
 
 
419 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
434 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  25.17 
 
 
438 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
434 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 
436 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
439 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 
437 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 
437 aa  106  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
441 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
441 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
436 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
448 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 
441 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
436 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
447 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  27.54 
 
 
436 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  26.97 
 
 
436 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
436 aa  104  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
439 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 
431 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  25.34 
 
 
442 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
441 aa  103  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
441 aa  103  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
435 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.27 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
412 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.27 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.3 
 
 
441 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.27 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.27 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  27.39 
 
 
426 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.39 
 
 
426 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  27.06 
 
 
447 aa  102  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.91 
 
 
399 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>