More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3343 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2713  ABC transporter related  75.86 
 
 
510 aa  762  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3343  ABC transporter related  100 
 
 
505 aa  1010  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589852  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0763  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  50.1 
 
 
505 aa  480  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.831413  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5042  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  51.85 
 
 
498 aa  470  1e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.650295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3885  ABC transporter related protein  49.6 
 
 
509 aa  465  1e-130  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3929  ABC transporter-related protein  50 
 
 
517 aa  467  1e-130  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.992166  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4514  ABC transporter related  49.49 
 
 
498 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0372056  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3688  ABC transporter related  49.7 
 
 
509 aa  463  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6411  ABC transporter related  49.49 
 
 
498 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  5.54602e-07  normal  0.729468 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1593  ABC transporter related  50 
 
 
504 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98451  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  39.55 
 
 
515 aa  345  9e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  39.19 
 
 
517 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  38.1 
 
 
512 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.13 
 
 
501 aa  338  1e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  33.13 
 
 
501 aa  338  1e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  38.12 
 
 
520 aa  337  3e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  38.51 
 
 
497 aa  337  3e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2279  ABC transporter related  39.24 
 
 
500 aa  336  7e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.488082  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  37.37 
 
 
516 aa  332  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  39.35 
 
 
514 aa  331  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  37.68 
 
 
512 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6267  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.55 
 
 
511 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3784  ABC transporter related  37.8 
 
 
506 aa  328  1e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.915652  hitchhiker  0.00808443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  38.58 
 
 
506 aa  328  1e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4170  ABC transporter related  35.96 
 
 
503 aa  327  2e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611876  normal  0.0273413 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  34.61 
 
 
499 aa  328  2e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  34.61 
 
 
499 aa  328  2e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  37.35 
 
 
501 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0211  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.97 
 
 
517 aa  327  3e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3129  ABC transporter related  36.23 
 
 
504 aa  327  4e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149382  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  36.77 
 
 
512 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  36.77 
 
 
512 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  37.52 
 
 
513 aa  326  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5810  ABC transporter related  37.5 
 
 
511 aa  326  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.644683  normal  0.0896237 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  37.22 
 
 
508 aa  326  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  32.93 
 
 
501 aa  325  9e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  37.35 
 
 
513 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6711  ABC transporter related  37.37 
 
 
511 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.87316 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6088  ABC transporter related  39.84 
 
 
521 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1620  ABC transporter related  33 
 
 
493 aa  324  2e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  36.57 
 
 
514 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4723  ABC transporter related  37.45 
 
 
506 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.943494  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1760  ribose ABC transporter ATP-binding protein  36.02 
 
 
496 aa  323  4e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185473  hitchhiker  7.61209e-05 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1508  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  36.02 
 
 
496 aa  323  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.106354  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1612  ABC transporter related  36.02 
 
 
496 aa  323  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0501  ABC transporter related  34.61 
 
 
511 aa  323  6e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00548503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3235  ABC transporter related  36.09 
 
 
506 aa  322  9e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.365394  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4200  ABC transporter related  37.25 
 
 
528 aa  322  1e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  32.45 
 
 
496 aa  322  1e-86  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0885  ABC sugar transporter, ATPase subunit  36.99 
 
 
506 aa  322  1e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533742  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  37.4 
 
 
514 aa  321  2e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  37.4 
 
 
514 aa  321  2e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5597  ABC transporter related  35.81 
 
 
503 aa  321  2e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.609428  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2492  ABC transporter related protein  33.87 
 
 
498 aa  321  2e-86  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  36.71 
 
 
499 aa  320  3e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  37.4 
 
 
514 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  36.84 
 
 
504 aa  320  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0106  xylose transporter ATP-binding subunit  34.39 
 
 
505 aa  319  9e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  34.96 
 
 
492 aa  318  1e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  36.14 
 
 
497 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  38.1 
 
 
506 aa  318  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  34.01 
 
 
492 aa  317  3e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  38.22 
 
 
506 aa  317  4e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2262  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.79 
 
 
523 aa  317  4e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2433  ribose import ATP-binding protein  36.02 
 
 
510 aa  317  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  33.54 
 
 
494 aa  316  6e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.54 
 
 
494 aa  316  6e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.54 
 
 
494 aa  316  6e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.2 
 
 
494 aa  316  7e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.33 
 
 
494 aa  316  7e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  34.14 
 
 
494 aa  316  7e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1986  ABC transporter related  34 
 
 
501 aa  316  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.437257  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0843  ABC transporter related  40.12 
 
 
496 aa  316  8e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.0750454 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0807  ABC transporter related  39.15 
 
 
497 aa  315  8e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1465  ABC transporter related  39.77 
 
 
517 aa  315  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.748698  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1601  ABC transporter related  33.95 
 
 
525 aa  315  9e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  34.14 
 
 
494 aa  315  9e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2443  ABC transporter related  37.02 
 
 
494 aa  315  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2595  ABC transporter related  37.73 
 
 
537 aa  315  9e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.870253  normal  0.943264 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  38.63 
 
 
495 aa  315  9e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  33.74 
 
 
496 aa  315  1e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  9.97744e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2434  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.78 
 
 
540 aa  315  1e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.936114  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  35.01 
 
 
494 aa  315  1e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1425  ABC transporter related  39.77 
 
 
517 aa  315  1e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.59 
 
 
523 aa  315  2e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  33.87 
 
 
496 aa  314  2e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  34.39 
 
 
503 aa  314  2e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  1.10391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1711  ABC transporter related  39.73 
 
 
517 aa  314  2e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0318504 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0046  sugar ABC transporter ATPase  33.61 
 
 
513 aa  314  2e-84  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0138528  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  33.33 
 
 
494 aa  314  2e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6710  ABC transporter, ATP binding subunit (putative high-affinity D-ribose transport)  38.48 
 
 
507 aa  315  2e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11533  normal  0.0914748 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  36.59 
 
 
523 aa  315  2e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2211  ABC transporter-related protein  36.85 
 
 
535 aa  314  3e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139274 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3534  ABC transporter related  35.77 
 
 
523 aa  313  3e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.116696 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1655  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.16 
 
 
517 aa  314  3e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2994  ABC transporter related  38.61 
 
 
512 aa  313  3e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  40.16 
 
 
517 aa  314  3e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0286  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  40.16 
 
 
517 aa  314  3e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1859  ABC transporter related  32.93 
 
 
499 aa  314  3e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2025  ABC transporter related  39.92 
 
 
519 aa  313  3e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.770144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>