85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3046 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3046  MxaD protein  100 
 
 
181 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3014  MxaD protein  73.38 
 
 
173 aa  242  2e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.872014  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3114  MxaD protein  70.97 
 
 
178 aa  235  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2381  MxaD gene product  47.43 
 
 
175 aa  164  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.1214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0030  hypothetical protein  53.5 
 
 
178 aa  159  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639548  normal  0.937966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4385  hypothetical protein  50.29 
 
 
187 aa  160  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190463  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0195  hypothetical protein  52.23 
 
 
183 aa  149  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1790  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  50 
 
 
176 aa  145  2e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.859721  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1839  putative signal peptide  49.36 
 
 
176 aa  145  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2174  putative signal peptide  49.36 
 
 
176 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.533074  normal  0.499891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5019  putative signal peptide  47.4 
 
 
179 aa  144  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00550365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4200  MxaD protein, putative  44.83 
 
 
184 aa  138  5e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240812  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5323  putative signal peptide  48.05 
 
 
179 aa  137  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.168368  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8030  MxaD protein, putative  43.35 
 
 
177 aa  136  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.816578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0481  MxaD protein, putative  47.77 
 
 
176 aa  135  3e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0789  MxaD protein, putative  44.64 
 
 
174 aa  132  2e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.28208  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2125  MxaD gene product  45.28 
 
 
176 aa  132  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0541429  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0024  hypothetical protein  47.77 
 
 
183 aa  129  2e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1917  MxaD protein, putative  43.87 
 
 
176 aa  128  5e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740927  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4140  MxaD protein, putative  41.18 
 
 
176 aa  120  1e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809932  normal  0.962091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4508  MxaD protein, putative  41.18 
 
 
176 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.633889 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4622  MxaD protein, putative  39.87 
 
 
177 aa  114  7e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886356  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1840  hypothetical protein  38.37 
 
 
177 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2727  putative signal peptide  41.94 
 
 
177 aa  106  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.594423  normal  0.129354 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3003  MxaD protein, putative  35.29 
 
 
177 aa  105  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0105582  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2175  hypothetical protein  36.63 
 
 
177 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.286876  normal  0.507077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2034  MxaD protein, putative  38.01 
 
 
167 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0851  hypothetical protein  43.05 
 
 
185 aa  97.4  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2160  hypothetical protein  41.57 
 
 
181 aa  94.7  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2419  MxaD protein  35.67 
 
 
168 aa  92.8  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0515899  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1791  putative exported protein of unknown function  37.01 
 
 
178 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.813923  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1819  MxaD protein, putative  39.18 
 
 
195 aa  89  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0127  hypothetical protein  37.42 
 
 
157 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.388571  normal  0.0306658 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4407  hypothetical protein  32.45 
 
 
144 aa  82  4e-15  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1831  XoxI  36.36 
 
 
138 aa  80.5  1e-14  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  3.6824e-06  normal  0.167338 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3414  hypothetical protein  35.04 
 
 
138 aa  80.5  1e-14  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00102667  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3117  hypothetical protein  35.04 
 
 
138 aa  79.7  2e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5078  hypothetical protein  36.43 
 
 
138 aa  79  3e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2028  hypothetical protein  36.92 
 
 
135 aa  79.3  3e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4716  hypothetical protein  36.43 
 
 
138 aa  79  3e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3426  hypothetical protein  36.92 
 
 
138 aa  79  3e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0586777  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1085  hypothetical protein  37.32 
 
 
161 aa  78.2  7e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3521  hypothetical protein  33.09 
 
 
136 aa  77.8  7e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396939  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3211  hypothetical protein  35.11 
 
 
138 aa  77.8  9e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3430  hypothetical protein  35.11 
 
 
138 aa  77.8  9e-14  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3189  hypothetical protein  35.11 
 
 
138 aa  77.8  9e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3464  hypothetical protein  35.11 
 
 
138 aa  77.8  9e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.21504  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3442  hypothetical protein  34.85 
 
 
138 aa  77.8  9e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6553  hypothetical protein  36.43 
 
 
138 aa  76.3  2e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.476808 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1659  MxaD protein  33.33 
 
 
162 aa  75.9  3e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.332339  normal  0.0308895 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2543  hypothetical protein  33.82 
 
 
158 aa  75.5  4e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1028  hypothetical protein  36.92 
 
 
157 aa  74.7  7e-13  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4813  hypothetical protein  30.61 
 
 
145 aa  73.9  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.964895  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5705  hypothetical protein  35 
 
 
138 aa  73.2  2e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6069  hypothetical protein  35 
 
 
138 aa  73.2  2e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.724335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4812  hypothetical protein  30 
 
 
147 aa  72.4  3e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0938  hypothetical protein  36.22 
 
 
168 aa  72  4e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.265623  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0939  hypothetical protein  35.2 
 
 
166 aa  70.5  1e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3357  hypothetical protein  29.65 
 
 
164 aa  67.8  8e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0625  hypothetical protein  27.4 
 
 
144 aa  65.9  3e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2544  hypothetical protein  32.35 
 
 
157 aa  66.2  3e-10  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16740  hypothetical protein  29.53 
 
 
138 aa  57  2e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0136684  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3994  hypothetical protein  30.28 
 
 
140 aa  56.2  3e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0672627  normal  0.158861 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2858  hypothetical protein  25.87 
 
 
142 aa  52.8  3e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0882  hypothetical protein  30.19 
 
 
146 aa  52.4  4e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.479556  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0826  hypothetical protein  27.93 
 
 
141 aa  51.6  6e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229535  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2463  hypothetical protein  35.24 
 
 
143 aa  51.2  8e-06  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00011136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2010  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132855  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2105  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0592  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1657  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0519  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0756  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.299244  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0702  hypothetical protein  31.13 
 
 
146 aa  49.7  2e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1841  Polyketide cyclase/dehydrase  32.67 
 
 
144 aa  48.5  5e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.679614  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5458  hypothetical protein  31.43 
 
 
158 aa  47.8  9e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5012  hypothetical protein  29.36 
 
 
159 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0536098 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7414  hypothetical protein  29.63 
 
 
142 aa  45.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156921  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2519  hypothetical protein  33.33 
 
 
145 aa  44.7  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.242712  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0540  hypothetical protein  26.32 
 
 
145 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1056  hypothetical protein  26.32 
 
 
145 aa  42.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0967482  normal  0.03281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0601  hypothetical protein  26.32 
 
 
145 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0427524  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1581  hypothetical protein  25.85 
 
 
152 aa  42.7  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2504  hypothetical protein  28.46 
 
 
147 aa  41.6  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4793  hypothetical protein  26.13 
 
 
140 aa  41.2  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>