More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3027 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3027  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  100 
 
 		 243 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00159379  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2787  phosphoglycolate phosphatase  60.18 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.485008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02162  phosphoglycolate phosphatase  35 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4600  phosphoglycolate phosphatase  41.03 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.383007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2251  phosphoglycolate phosphatase  38.86 
 
 		 229 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0743  phosphoglycolate phosphatase  35.42 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0363  phosphoglycolate phosphatase  36.27 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3898  phosphoglycolate phosphatase  37.56 
 
 		 221 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.67393 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0343  phosphoglycolate phosphatase  36.73 
 
 		 233 aa  108  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03140  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 		 216 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0460  phosphoglycolate phosphatase  39.89 
 
 		 229 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0352  phosphoglycolate phosphatase  36.06 
 
 		 241 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0570615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4106  phosphoglycolate phosphatase  37.19 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002270  phosphoglycolate phosphatase  33 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1950  HAD family hydrolase  36.79 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0253028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4076  phosphoglycolate phosphatase  37.19 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0265  phosphoglycolate phosphatase  37.19 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3996  phosphoglycolate phosphatase  37.19 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0261  phosphoglycolate phosphatase  31.72 
 
 		 226 aa  106  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3961  phosphoglycolate phosphatase  35.94 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.512442  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3722  phosphoglycolate phosphatase  35.94 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0244843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6944  phosphoglycolate phosphatase  43.23 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2065  HAD family hydrolase  36.32 
 
 		 227 aa  105  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0943577  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0230  phosphoglycolate phosphatase  35.94 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.135549  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3031  2-phosphoglycolate phosphatase  40.72 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3762  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.40481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3581  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.284383  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3661  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29844  normal  0.025681 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0328  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.372389  normal  0.201922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4194  phosphoglycolate phosphatase  36.68 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3878  phosphoglycolate phosphatase  34.18 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4689  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.663349  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03237  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0328  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3854  phosphoglycolate phosphatase  34.4 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00525883  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03189  hypothetical protein  34.4 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2414  phosphoglycolate phosphatase, putative  33.47 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0293  phosphoglycolate phosphatase  36.18 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4055  phosphoglycolate phosphatase  34.17 
 
 		 234 aa  102  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0278697  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3656  phosphoglycolate phosphatase  36.99 
 
 		 234 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.755729 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0571  phosphoglycolate phosphatase  36.02 
 
 		 242 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00083  phosphoglycolate phosphatase  32.02 
 
 		 228 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0581  putative phosphoglycolate phosphatase protein  36.65 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3699  phosphoglycolate phosphatase  35.5 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2083  phosphoglycolate phosphatase  36.84 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.609164  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2727  phosphoglycolate phosphatase  32.16 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2060  HAD family hydrolase  37.69 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00381556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2056  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  37.69 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0324232  unclonable  0.00000000000163854 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3798  phosphoglycolate phosphatase  34.26 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0419361 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2479  phosphoglycolate phosphatase  37.7 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0669626  normal  0.547058 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0254  phosphoglycolate phosphatase  35.68 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3547  phosphoglycolate phosphatase  39.89 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2304  HAD family hydrolase  37 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652895  hitchhiker  0.000448515 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3679  phosphoglycolate phosphatase  34.42 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.966867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3681  phosphoglycolate phosphatase  33.49 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123155  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2072  HAD family hydrolase  36.36 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000098787  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2406  HAD family hydrolase  37.69 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0211635  unclonable  0.0000117739 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3691  phosphoglycolate phosphatase  35.18 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1970  HAD family hydrolase  36.36 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000840588  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3788  phosphoglycolate phosphatase  33.49 
 
 		 252 aa  99.8  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3850  phosphoglycolate phosphatase  34.42 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3754  phosphoglycolate phosphatase  34.42 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4445  phosphoglycolate phosphatase  43.23 
 
 		 234 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0670358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2061  HAD family hydrolase  35.91 
 
 		 224 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0183643  unclonable  0.0000224709 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3887  phosphoglycolate phosphatase  35.68 
 
 		 227 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.379252 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2583  phosphoglycolate phosphatase  35.94 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2229  phosphoglycolate phosphatase  34.69 
 
 		 227 aa  98.6  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.40738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1917  HAD family hydrolase  37.06 
 
 		 224 aa  99  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0123365  hitchhiker  0.0000000762533 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1278  phosphoglycolate phosphatase  39.36 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.546429  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2787  phosphoglycolate phosphatase  35.32 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00496025  hitchhiker  0.0014162 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00378  phosphoglycolate phosphatase  37.77 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.590108  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2111  phosphoglycolate phosphatase  38.34 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0268  phosphoglycolate phosphatase  35.47 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0557534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2289  HAD family hydrolase  37.19 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000247556  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2937  phosphoglycolate phosphatase  39.36 
 
 		 218 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1410  phosphoglycolate phosphatase  30.65 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0567  phosphoglycolate phosphatase  36.13 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1226  phosphoglycolate phosphatase  33.33 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000334097  normal  0.244171 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0752  phosphoglycolate phosphatase  35.11 
 
 		 272 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2132  HAD family hydrolase  33.33 
 
 		 220 aa  96.3  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07930  phosphoglycolate phosphatase  35.64 
 
 		 272 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282972 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2446  phosphoglycolate phosphatase  32 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1630  phosphoglycolate phosphatase  37.13 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2201  phosphoglycolate phosphatase  32.04 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3516  phosphoglycolate phosphatase  37.17 
 
 		 229 aa  95.5  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0220  phosphoglycolate phosphatase  33.68 
 
 		 231 aa  95.9  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0347  phosphoglycolate phosphatase  35.53 
 
 		 235 aa  95.5  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4258  phosphoglycolate phosphatase  32.49 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0125483 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2124  phosphoglycolate phosphatase  31.84 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3482  phosphoglycolate phosphatase  32.31 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824519  normal  0.190106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0783  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1  35.21 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3998  phosphoglycolate phosphatase  34.83 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2370  phosphoglycolate phosphatase  34.18 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1573  phosphoglycolate phosphatase  37.13 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1947  HAD family hydrolase  33.65 
 
 		 239 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1798  phosphoglycolate phosphatase  36.68 
 
 		 221 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0263592  unclonable  0.00000282508 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1508  phosphoglycolate phosphatase  35.45 
 
 		 228 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.313556  normal  0.0200123 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2760  putative phosphoglycolate phosphatase  35.81 
 
 		 221 aa  93.6  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0219607 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3611  phosphoglycolate phosphatase  36.28 
 
 		 262 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4786  phosphoglycolate phosphatase  33.85 
 
 		 272 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.602175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>