More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3004 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
306 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.1 
 
 
306 aa  583  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.6 
 
 
306 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.89 
 
 
306 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.31 
 
 
306 aa  531  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.93 
 
 
306 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  84.31 
 
 
306 aa  531  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  82.95 
 
 
307 aa  524  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.66 
 
 
307 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.33 
 
 
307 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  81.7 
 
 
306 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.05 
 
 
306 aa  511  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.37 
 
 
306 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.37 
 
 
306 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  80.07 
 
 
306 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  78.76 
 
 
306 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.41 
 
 
306 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  79.08 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  80.07 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  79.08 
 
 
327 aa  503  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  78.76 
 
 
306 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  79.08 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.07 
 
 
306 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  79.08 
 
 
306 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.08 
 
 
306 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  78.76 
 
 
306 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  78.76 
 
 
306 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.76 
 
 
306 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.07 
 
 
306 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.76 
 
 
306 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.76 
 
 
306 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  79.41 
 
 
306 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  79.08 
 
 
306 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  79.41 
 
 
306 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  79.08 
 
 
306 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  79.41 
 
 
306 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.78 
 
 
311 aa  487  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.39 
 
 
306 aa  487  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  77.12 
 
 
306 aa  485  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  76.8 
 
 
306 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.38 
 
 
306 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.85 
 
 
310 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.27 
 
 
306 aa  340  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.27 
 
 
306 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.59 
 
 
306 aa  322  4e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0219662  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.59 
 
 
306 aa  322  4e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  51.32 
 
 
306 aa  299  4e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  51.32 
 
 
306 aa  299  4e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  51.32 
 
 
306 aa  299  5e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  51.32 
 
 
306 aa  298  8e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  51.32 
 
 
306 aa  298  8e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
308 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
306 aa  281  8.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
334 aa  280  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.67 
 
 
333 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
308 aa  275  7e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 
309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  44.08 
 
 
351 aa  272  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
335 aa  270  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
315 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  44.08 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  44.08 
 
 
339 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3533  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.76 
 
 
305 aa  268  5.9999999999999995e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
313 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  42.6 
 
 
339 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  42.04 
 
 
339 aa  266  4e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
311 aa  266  5e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
313 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  40.26 
 
 
313 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
315 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
313 aa  265  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
316 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  43.79 
 
 
339 aa  263  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  43.49 
 
 
339 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
333 aa  263  3e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
313 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
313 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  41.72 
 
 
339 aa  262  4.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
312 aa  262  4.999999999999999e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
313 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.23 
 
 
315 aa  261  8.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  41.21 
 
 
313 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  43.2 
 
 
339 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>