More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2950 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.38 
 
 		 671 aa  682    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  53.24 
 
 		 671 aa  683    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  64.98 
 
 		 693 aa  847    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.62 
 
 		 681 aa  698    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.93 
 
 		 671 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  76.81 
 
 		 707 aa  1054    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  51.55 
 
 		 672 aa  672    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  59.28 
 
 		 673 aa  765    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1398  putative DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]) protein  58.2 
 
 		 813 aa  691    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  60.81 
 
 		 691 aa  796    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  50.74 
 
 		 689 aa  647    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.59 
 
 		 684 aa  682    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  54.26 
 
 		 689 aa  715    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  60.12 
 
 		 691 aa  789    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  57.54 
 
 		 671 aa  734    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  60.52 
 
 		 691 aa  795    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  67.69 
 
 		 768 aa  906    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  782    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  49.93 
 
 		 673 aa  660    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  50.22 
 
 		 673 aa  665    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.24 
 
 		 671 aa  683    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  59 
 
 		 675 aa  763    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  58.43 
 
 		 683 aa  758    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  782    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  63.96 
 
 		 711 aa  844    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  63.53 
 
 		 686 aa  840    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  51.25 
 
 		 668 aa  677    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  50.59 
 
 		 673 aa  663    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  59.91 
 
 		 691 aa  781    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  52.21 
 
 		 675 aa  686    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.28 
 
 		 670 aa  701    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1272  DNA ligase, NAD-dependent  55.92 
 
 		 817 aa  683    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.229595 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  53.89 
 
 		 685 aa  709    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  60.66 
 
 		 691 aa  795    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  69.35 
 
 		 740 aa  964    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.93 
 
 		 671 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  783    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  54.04 
 
 		 685 aa  712    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  54.51 
 
 		 690 aa  717    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  51.59 
 
 		 683 aa  655    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 		 672 aa  653    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  60.12 
 
 		 683 aa  789    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.93 
 
 		 671 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  57.04 
 
 		 707 aa  746    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  782    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.38 
 
 		 671 aa  683    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  70.09 
 
 		 703 aa  954    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  60.78 
 
 		 691 aa  794    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  60.26 
 
 		 688 aa  778    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  53.89 
 
 		 685 aa  711    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.93 
 
 		 671 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.23 
 
 		 670 aa  707    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  53.33 
 
 		 678 aa  688    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.53 
 
 		 671 aa  683    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  73.2 
 
 		 690 aa  1022    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  54.72 
 
 		 674 aa  728    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 		 670 aa  657    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  61.94 
 
 		 693 aa  825    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  77.18 
 
 		 706 aa  1074    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  60.49 
 
 		 688 aa  777    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  51.76 
 
 		 670 aa  678    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.61 
 
 		 673 aa  701    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  55.57 
 
 		 691 aa  711    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  53.38 
 
 		 671 aa  682    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 694 aa  1403    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  62.12 
 
 		 721 aa  832    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.23 
 
 		 670 aa  704    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1336  DNA ligase, NAD-dependent  56.75 
 
 		 813 aa  687    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.528438 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  52.1 
 
 		 697 aa  663    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.66 
 
 		 671 aa  671    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  60.66 
 
 		 746 aa  794    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  68.51 
 
 		 677 aa  889    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.93 
 
 		 671 aa  678    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  50.29 
 
 		 677 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  58.17 
 
 		 671 aa  744    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  69.9 
 
 		 693 aa  945    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  50.88 
 
 		 673 aa  662    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  53.82 
 
 		 669 aa  703    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  54.24 
 
 		 690 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  54.09 
 
 		 690 aa  715    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  55.83 
 
 		 673 aa  714    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  52.21 
 
 		 670 aa  699    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  52.49 
 
 		 670 aa  683    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.38 
 
 		 671 aa  682    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  60.52 
 
 		 691 aa  795    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  52.63 
 
 		 670 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  783    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  70.49 
 
 		 732 aa  992    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.38 
 
 		 671 aa  685    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  53.38 
 
 		 685 aa  704    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  60.06 
 
 		 691 aa  782    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  60.66 
 
 		 691 aa  794    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.37 
 
 		 682 aa  664    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.23 
 
 		 670 aa  704    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  54.31 
 
 		 691 aa  717    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.44 
 
 		 681 aa  704    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.99 
 
 		 669 aa  687    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  69.28 
 
 		 731 aa  971    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.39 
 
 		 669 aa  671    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  54.2 
 
 		 681 aa  701    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>