More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2934 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 358 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 338 aa  341  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 349 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  38.99 
 
 		 337 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 353 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 353 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  36.97 
 
 		 353 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 337 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 337 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  34.15 
 
 		 348 aa  195  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 335 aa  153  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 343 aa  145  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 375 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 344 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 358 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 348 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.23 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.28 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 365 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.93 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 347 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  39.01 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 351 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29.05 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  26.95 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  28.75 
 
 		 339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.83 
 
 		 340 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  29.34 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  27.33 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 344 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  29.06 
 
 		 366 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 366 aa  112  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  28.84 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.85 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  26.59 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 396 aa  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  27.47 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 338 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 330 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 		 343 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 355 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.69 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  26.01 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>