More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2924 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  100 
 
 		 491 aa  996    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  56.96 
 
 		 493 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  59.11 
 
 		 510 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  55.16 
 
 		 493 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  54.37 
 
 		 493 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  58.55 
 
 		 507 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  58.55 
 
 		 507 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  56.36 
 
 		 493 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  43.32 
 
 		 549 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  45.54 
 
 		 497 aa  386  1e-106  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  38.82 
 
 		 487 aa  359  8e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  42.03 
 
 		 489 aa  352  5.9999999999999994e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  41.53 
 
 		 490 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  35.52 
 
 		 508 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  35.28 
 
 		 477 aa  296  8e-79  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.61 
 
 		 440 aa  273  5.000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  33.33 
 
 		 494 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  31.67 
 
 		 483 aa  239  6.999999999999999e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.64 
 
 		 591 aa  220  6e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  31.17 
 
 		 465 aa  216  5e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  30.8 
 
 		 573 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  28.66 
 
 		 582 aa  194  4e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  29.43 
 
 		 587 aa  187  4e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  28.46 
 
 		 660 aa  184  3e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  27.89 
 
 		 564 aa  169  8e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  28.46 
 
 		 602 aa  157  4e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  29.29 
 
 		 469 aa  153  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  31.31 
 
 		 478 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  31.03 
 
 		 485 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.41 
 
 		 581 aa  144  3e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  28.78 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  27.91 
 
 		 600 aa  140  4.999999999999999e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  32.13 
 
 		 444 aa  140  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  30.93 
 
 		 476 aa  134  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  30.08 
 
 		 438 aa  131  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  28 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  30.54 
 
 		 468 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  28.54 
 
 		 449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  28.31 
 
 		 494 aa  127  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  29.43 
 
 		 434 aa  126  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30.43 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  28.87 
 
 		 442 aa  124  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  29.07 
 
 		 446 aa  123  8e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  30.98 
 
 		 442 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  30.15 
 
 		 450 aa  121  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  29.38 
 
 		 434 aa  120  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  27.89 
 
 		 441 aa  119  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  29.72 
 
 		 439 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  28.51 
 
 		 430 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  27.34 
 
 		 421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  27.76 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.77 
 
 		 451 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  28.2 
 
 		 437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  29.09 
 
 		 448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  23.2 
 
 		 473 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  29.89 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  28.61 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  28.31 
 
 		 440 aa  113  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  29.43 
 
 		 452 aa  111  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  27.09 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  27.09 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  27.09 
 
 		 444 aa  111  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  26.59 
 
 		 472 aa  110  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  27.03 
 
 		 462 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  29.84 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  26.09 
 
 		 441 aa  107  4e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  28.16 
 
 		 434 aa  107  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.1 
 
 		 468 aa  107  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  29.5 
 
 		 428 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  25.71 
 
 		 434 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  25.89 
 
 		 434 aa  103  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.21 
 
 		 451 aa  102  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  27.92 
 
 		 442 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.3 
 
 		 445 aa  100  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  26.34 
 
 		 446 aa  99.8  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  28.87 
 
 		 440 aa  99.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.11 
 
 		 435 aa  96.7  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  24.46 
 
 		 429 aa  95.5  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.06 
 
 		 439 aa  94.4  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  27.32 
 
 		 468 aa  93.6  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  28.54 
 
 		 477 aa  91.3  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  26.73 
 
 		 444 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.96 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.83 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.86 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.04 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.55 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.98 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 		 375 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  24.05 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.11 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.27 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.4 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 		 375 aa  73.2  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.55 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.43 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15083  predicted protein  24.94 
 
 		 374 aa  72  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1438  peptidase M20  22.81 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0996649  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>