211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2860 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
308 aa  611  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.45 
 
 
317 aa  368  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  67 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  67 
 
 
311 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  59.62 
 
 
315 aa  348  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.44 
 
 
303 aa  333  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.24 
 
 
304 aa  332  6e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.45 
 
 
317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  59.71 
 
 
317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  52.09 
 
 
323 aa  281  9e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  48.86 
 
 
319 aa  259  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  47.54 
 
 
357 aa  249  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  47.85 
 
 
345 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  49.18 
 
 
361 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  49.02 
 
 
348 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.86 
 
 
344 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.19 
 
 
344 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  47.39 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  46.86 
 
 
310 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.52 
 
 
344 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.19 
 
 
344 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  45.95 
 
 
349 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.88 
 
 
344 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.72 
 
 
373 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.58 
 
 
336 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  43.13 
 
 
346 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  43.27 
 
 
346 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  42.02 
 
 
346 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  41.94 
 
 
354 aa  205  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.76 
 
 
335 aa  192  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.79 
 
 
336 aa  192  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.93 
 
 
348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  39.05 
 
 
345 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.05 
 
 
339 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.08 
 
 
354 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.32 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.76 
 
 
334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.59 
 
 
347 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  39.68 
 
 
313 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  38.83 
 
 
313 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  34.05 
 
 
321 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  34.05 
 
 
321 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  39.29 
 
 
313 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  38.91 
 
 
313 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  38.68 
 
 
314 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.22 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  36.77 
 
 
315 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  34.1 
 
 
356 aa  142  8e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  37.74 
 
 
313 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.36 
 
 
328 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  39.12 
 
 
314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  32.81 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  34.94 
 
 
315 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.48 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.41 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.52 
 
 
309 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  30.69 
 
 
318 aa  126  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.5 
 
 
318 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.66 
 
 
318 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.49 
 
 
318 aa  122  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.21 
 
 
318 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.95 
 
 
323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.45 
 
 
319 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  28.66 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.95 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.48 
 
 
321 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.66 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.62 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  31.62 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.18 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  30.3 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.6 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 
322 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.07 
 
 
288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.41 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 
318 aa  109  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  28.77 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  28.77 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  30.62 
 
 
305 aa  103  4e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  27.18 
 
 
326 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  27.42 
 
 
326 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  26.86 
 
 
326 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  26.86 
 
 
326 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  26.86 
 
 
326 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  26.86 
 
 
326 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  28.4 
 
 
322 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3431  folate-binding protein YgfZ  28.8 
 
 
326 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  32.24 
 
 
291 aa  99.8  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  29.67 
 
 
267 aa  99.8  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.95 
 
 
348 aa  98.6  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  26.77 
 
 
330 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  25.89 
 
 
326 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  26.21 
 
 
326 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>