More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2777 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2777  hypothetical protein  100 
 
 
322 aa  634    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.89737  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  48.99 
 
 
328 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  45.82 
 
 
330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  45.61 
 
 
330 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  46.26 
 
 
339 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  43.08 
 
 
331 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  47.6 
 
 
328 aa  276  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  47.16 
 
 
328 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  47.16 
 
 
328 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  45.57 
 
 
327 aa  275  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  46.64 
 
 
328 aa  275  7e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  47.06 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  47.14 
 
 
324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  45.6 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  45.76 
 
 
327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  47.97 
 
 
331 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  45.79 
 
 
328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  46.58 
 
 
331 aa  272  7e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  45.39 
 
 
330 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4970  hypothetical protein  45.48 
 
 
321 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  45.94 
 
 
323 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  43.2 
 
 
325 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  43.2 
 
 
327 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  45.58 
 
 
328 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  46.1 
 
 
324 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  43 
 
 
333 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  43.62 
 
 
325 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  46.46 
 
 
324 aa  265  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2466  hypothetical protein  44.48 
 
 
321 aa  265  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1717  hypothetical protein  41.67 
 
 
330 aa  263  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.169515  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  44.86 
 
 
349 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5203  hypothetical protein  44.55 
 
 
332 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  45.45 
 
 
356 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  41.18 
 
 
356 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  45.64 
 
 
339 aa  261  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4494  hypothetical protein  46 
 
 
330 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.125803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0843  hypothetical protein  44.33 
 
 
324 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593129  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  43.39 
 
 
304 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2820  hypothetical protein  48.17 
 
 
359 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.407557  normal  0.294179 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  44.3 
 
 
335 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  45 
 
 
335 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  46.6 
 
 
339 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3792  extra-cytoplasmic solute receptor  44.95 
 
 
326 aa  261  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  41.88 
 
 
336 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3798  hypothetical protein  43.85 
 
 
338 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  45.94 
 
 
358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  44.9 
 
 
318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  43.81 
 
 
330 aa  259  6e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  43.81 
 
 
330 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4453  hypothetical protein  47.14 
 
 
336 aa  258  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304817 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  43.89 
 
 
332 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4553  hypothetical protein  42.62 
 
 
341 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  44.44 
 
 
314 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  45.4 
 
 
336 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6186  hypothetical protein  44.27 
 
 
327 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  43.1 
 
 
322 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  43.41 
 
 
335 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3827  hypothetical protein  42.15 
 
 
330 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0843  hypothetical protein  42.81 
 
 
323 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159621  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0847  hypothetical protein  42.64 
 
 
331 aa  255  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.318374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0585  hypothetical protein  47.06 
 
 
341 aa  255  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.156752  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0828  hypothetical protein  41.91 
 
 
335 aa  255  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  42.33 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1885  hypothetical protein  44.41 
 
 
323 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0363  hypothetical protein  42.68 
 
 
322 aa  252  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3807  hypothetical protein  41.14 
 
 
341 aa  252  6e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.477496 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5751  hypothetical protein  44.3 
 
 
327 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0796477  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  46.03 
 
 
333 aa  251  8.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  45.07 
 
 
345 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  43.77 
 
 
334 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  43.1 
 
 
335 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  43.57 
 
 
344 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  45.07 
 
 
345 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4611  hypothetical protein  44.85 
 
 
349 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2783  hypothetical protein  45.39 
 
 
324 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0971389 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2444  hypothetical protein  44.11 
 
 
334 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0710  hypothetical protein  40 
 
 
328 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  42.91 
 
 
333 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4645  extra-cytoplasmic solute receptor  41.8 
 
 
348 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176289  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3163  hypothetical protein  42.86 
 
 
334 aa  249  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000218374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  40.98 
 
 
318 aa  249  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2507  hypothetical protein  43 
 
 
336 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0619  hypothetical protein  40.88 
 
 
325 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  42.95 
 
 
335 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  42.9 
 
 
333 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  42.72 
 
 
331 aa  248  7e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  43.42 
 
 
360 aa  249  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  42.72 
 
 
331 aa  248  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1812  hypothetical protein  42.47 
 
 
326 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2413  hypothetical protein  40.69 
 
 
325 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325014  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0288  hypothetical protein  41.02 
 
 
325 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1840  hypothetical protein  45.67 
 
 
326 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0526902  normal  0.401977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0284  hypothetical protein  41.41 
 
 
323 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1625  hypothetical protein  41.08 
 
 
325 aa  247  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.354122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  42.37 
 
 
330 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  42.37 
 
 
325 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2249  hypothetical protein  41.08 
 
 
325 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.570594 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  43.49 
 
 
331 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2114  hypothetical protein  44.18 
 
 
325 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00328294 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  44.11 
 
 
322 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>