79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2739 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  100 
 
 		 283 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  64.77 
 
 		 306 aa  345  6e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  63.53 
 
 		 295 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  66 
 
 		 337 aa  341  5.999999999999999e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  52.52 
 
 		 295 aa  289  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  54.83 
 
 		 375 aa  271  9e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  46.32 
 
 		 279 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  54.83 
 
 		 326 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  52.36 
 
 		 298 aa  258  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  50.39 
 
 		 306 aa  256  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  44.37 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50.2 
 
 		 279 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  44.01 
 
 		 302 aa  251  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  44.77 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.05 
 
 		 284 aa  247  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  48.4 
 
 		 281 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  45.8 
 
 		 315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  45.8 
 
 		 309 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  46.18 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  45.96 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.63 
 
 		 282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  45.04 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  47.69 
 
 		 288 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  49.41 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  49.82 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  42.4 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  45.42 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  44.49 
 
 		 291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  43.58 
 
 		 292 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  43.71 
 
 		 317 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.63 
 
 		 279 aa  229  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  49.01 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  41.67 
 
 		 279 aa  225  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  45.85 
 
 		 270 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  43.31 
 
 		 282 aa  219  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  41.6 
 
 		 266 aa  216  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.62 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.06 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.65 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.19 
 
 		 282 aa  195  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.19 
 
 		 282 aa  195  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  39.84 
 
 		 271 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.36 
 
 		 275 aa  193  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  36.72 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  34.7 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  45.27 
 
 		 282 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  38.98 
 
 		 269 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.03 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  26.28 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 		 840 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 412 aa  55.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 		 847 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.28 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  32.12 
 
 		 845 aa  53.5  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.35 
 
 		 828 aa  52.4  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  27.95 
 
 		 837 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 831 aa  50.4  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.67 
 
 		 437 aa  49.7  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 847 aa  49.7  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.91 
 
 		 797 aa  49.3  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 		 437 aa  49.3  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  28.05 
 
 		 825 aa  48.9  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 		 437 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 		 848 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.28 
 
 		 588 aa  45.8  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  30.22 
 
 		 658 aa  45.8  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.36 
 
 		 833 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 		 833 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  29.37 
 
 		 684 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  33.85 
 
 		 927 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.36 
 
 		 590 aa  44.3  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 866 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 833 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  29.21 
 
 		 832 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  23.53 
 
 		 815 aa  42.7  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  27.94 
 
 		 847 aa  42.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  33.72 
 
 		 851 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25.44 
 
 		 432 aa  42.4  0.008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  25.99 
 
 		 864 aa  42.4  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>