79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2739 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  100 
 
 
283 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  64.77 
 
 
306 aa  345  6e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  63.53 
 
 
295 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  66 
 
 
337 aa  341  6e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  52.52 
 
 
295 aa  289  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  54.83 
 
 
375 aa  271  9e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  46.32 
 
 
279 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  54.83 
 
 
326 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  52.36 
 
 
298 aa  258  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  50.39 
 
 
306 aa  256  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  44.37 
 
 
302 aa  254  1e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50.2 
 
 
279 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  44.01 
 
 
302 aa  251  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  44.77 
 
 
304 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.05 
 
 
284 aa  247  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  48.4 
 
 
281 aa  244  1e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  45.8 
 
 
309 aa  242  4e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  45.8 
 
 
315 aa  243  4e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  46.18 
 
 
315 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  45.96 
 
 
281 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  47.69 
 
 
288 aa  239  3e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.63 
 
 
282 aa  239  3e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  45.04 
 
 
315 aa  239  3e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  49.41 
 
 
298 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  49.82 
 
 
303 aa  238  7e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  42.4 
 
 
311 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  45.42 
 
 
309 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  44.49 
 
 
291 aa  234  1e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  43.58 
 
 
292 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  43.71 
 
 
317 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.63 
 
 
279 aa  229  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  49.01 
 
 
290 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  41.67 
 
 
279 aa  225  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  45.85 
 
 
270 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  43.31 
 
 
282 aa  219  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  41.6 
 
 
266 aa  216  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.62 
 
 
272 aa  201  1e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.65 
 
 
302 aa  197  2e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.06 
 
 
312 aa  197  2e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.19 
 
 
282 aa  195  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.19 
 
 
282 aa  195  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  39.84 
 
 
271 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.36 
 
 
275 aa  193  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  36.72 
 
 
272 aa  191  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  34.7 
 
 
282 aa  191  1e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  45.27 
 
 
282 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  38.98 
 
 
269 aa  189  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.03 
 
 
275 aa  166  3e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  26.28 
 
 
306 aa  61.6  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 
840 aa  56.6  4e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 
412 aa  55.5  9e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 
847 aa  54.7  2e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.28 
 
 
321 aa  53.9  3e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  32.12 
 
 
845 aa  53.5  4e-06  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.35 
 
 
828 aa  52.4  9e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  27.95 
 
 
837 aa  50.8  2e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
831 aa  50.4  3e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.67 
 
 
437 aa  49.7  5e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 
847 aa  49.7  6e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 
437 aa  49.3  7e-05  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.91 
 
 
797 aa  49.3  7e-05  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  28.05 
 
 
825 aa  48.9  9e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 
437 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 
848 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.28 
 
 
588 aa  45.8  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  30.22 
 
 
658 aa  45.8  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.36 
 
 
833 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.36 
 
 
590 aa  44.3  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 
833 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  33.85 
 
 
927 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  29.37 
 
 
684 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
866 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 
833 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  29.21 
 
 
832 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  23.53 
 
 
815 aa  42.7  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  33.72 
 
 
851 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25.44 
 
 
432 aa  42.4  0.008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  27.94 
 
 
847 aa  42.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  25.99 
 
 
864 aa  42.4  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>