115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2713 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 222 aa  454  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.03 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  45.26 
 
 		 243 aa  101  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  43.18 
 
 		 243 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  30.84 
 
 		 216 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  28.38 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  31.43 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  30 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  30 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  30.48 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.63 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  29.63 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  31.53 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  35.61 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  35.29 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  35.29 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  33.09 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  27.86 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  35.83 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  29.22 
 
 		 236 aa  67  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  31.25 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  30.83 
 
 		 221 aa  64.7  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  28.18 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  36.94 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  36.04 
 
 		 231 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  33.59 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  35.92 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  25.99 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  31.01 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3817  LexA repressor  39.33 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.18019  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  34.44 
 
 		 263 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1566  transcriptional repressor, LexA family  34.03 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000959525 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07330  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.78 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.140562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1587  LexA repressor  33.33 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.477026 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  26.78 
 
 		 270 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3151  Repressor lexA  31.3 
 
 		 154 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.662921  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  30.22 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  23.48 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1479  LexA repressor  31.68 
 
 		 275 aa  49.3  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0381882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.56 
 
 		 241 aa  49.7  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1543  transcriptional repressor, LexA family  36.73 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00734536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1868  LexA repressor  36.73 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  37.08 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7132  Repressor lexA  36.26 
 
 		 236 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  35.56 
 
 		 261 aa  48.9  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1409  LexA family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 258 aa  48.9  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0567372  decreased coverage  0.00000225039 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  34.44 
 
 		 244 aa  48.9  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.26 
 
 		 235 aa  48.5  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0167  LexA repressor  33.33 
 
 		 241 aa  48.5  0.00009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.139348  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  33.7 
 
 		 232 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 261 aa  48.1  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1234  putative prophage repressor  33.08 
 
 		 153 aa  47  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000530915  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1468  LexA repressor  28.57 
 
 		 288 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.097089  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0773  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.61 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000913387  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1232  LexA repressor  31.39 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0475766  normal  0.0166325 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7538  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 139 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.918072  normal  0.0410709 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1470  LexA repressor  34.44 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000034906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1434  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.84 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.298134  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1814  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.56 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.105168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  23.04 
 
 		 264 aa  46.6  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2152  LexA repressor  34.72 
 
 		 204 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1258  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.44 
 
 		 243 aa  46.2  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3234  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.26 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0168509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0927  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.41 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25160  LexA repressor  34.03 
 
 		 204 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1583  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.44 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.4567  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2221  LexA repressor  29.61 
 
 		 233 aa  45.4  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0110096  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12734  LexA repressor  34.44 
 
 		 217 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2168  LexA repressor  34.44 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264168  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4562  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.07 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.547089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2214  LexA repressor  34.44 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132228  normal  0.149598 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2157  LexA repressor  34.44 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00513762 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3979  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.44 
 
 		 252 aa  44.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.712673  normal  0.0708135 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2543  LexA family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 204 aa  44.7  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0539699  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35 
 
 		 132 aa  43.9  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1506  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.96 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.03098  normal  0.329035 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0151  LexA family transcriptional regulator  34 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.464426  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1475  LexA repressor  27.91 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.457406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  45.83 
 
 		 71 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14510  LexA repressor  29.8 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10620  SOS-response transcriptional repressor, LexA  35.16 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.445804  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2152  peptidase S24, LexA repressor  34.44 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3510  LexA repressor  33.33 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9651  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3328  transcriptional repressor, LexA family  35.16 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  29.73 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2186  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.02 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2248  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.02 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0496433  normal  0.289042 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2441  LexA repressor  31.11 
 
 		 232 aa  42.4  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.628301  normal  0.115914 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23040  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.83 
 
 		 258 aa  42.7  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.620289  normal  0.0692962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 209 aa  42.7  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  25 
 
 		 212 aa  42.7  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>