More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2690 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1735  ribonuclease  73.78 
 
 		 499 aa  767    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.776298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2197  ribonuclease G  65.1 
 
 		 489 aa  642    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2622  ribonuclease  78.11 
 
 		 495 aa  789    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.134326  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1891  ribonuclease G  65.23 
 
 		 488 aa  648    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2218  ribonuclease  64.96 
 
 		 489 aa  651    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.513685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  63.06 
 
 		 483 aa  637    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2529  RNAse G  64.83 
 
 		 486 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1377  ribonuclease G  65.42 
 
 		 488 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.231093  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  65.42 
 
 		 489 aa  677    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0799  ribonuclease G  65.23 
 
 		 488 aa  648    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5628  ribonuclease G  65.03 
 
 		 489 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3527  ribonuclease  75.74 
 
 		 515 aa  777    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.255196  normal  0.0164409 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1068  ribonuclease G  65.23 
 
 		 488 aa  648    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.112502  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2395  ribonuclease, Rne/Rng family  64.71 
 
 		 489 aa  641    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1008  ribonuclease G  65.42 
 
 		 508 aa  642    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2324  ribonuclease  64.96 
 
 		 489 aa  650    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.161969  normal  0.359737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  78.3 
 
 		 491 aa  806    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2690  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 508 aa  1033    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1975  ribonuclease G  74.17 
 
 		 501 aa  774    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.767333  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  65.62 
 
 		 489 aa  679    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3196  ribonuclease G  77.51 
 
 		 517 aa  789    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1233  ribonuclease  65.42 
 
 		 488 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1995  ribonuclease, Rne/Rng family  64.44 
 
 		 489 aa  641    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.422302  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1946  ribonuclease  72.16 
 
 		 493 aa  714    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.737696 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1689  ribonuclease  64.96 
 
 		 489 aa  650    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.741186  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1344  ribonuclease G  71.32 
 
 		 490 aa  713    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3824  ribonuclease, Rne/Rng family  64.96 
 
 		 484 aa  636    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1224  ribonuclease  65.42 
 
 		 488 aa  650    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.535864  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  77.71 
 
 		 495 aa  793    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2339  ribonuclease  64.96 
 
 		 489 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0414308  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1719  ribonuclease, Rne/Rng family  77.51 
 
 		 495 aa  793    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2301  ribonuclease  64.96 
 
 		 489 aa  650    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0977  ribonuclease  65.35 
 
 		 490 aa  657    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.205612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0351  ribonuclease  65.23 
 
 		 488 aa  648    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  65.62 
 
 		 489 aa  684    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0778  RNAse G  64.83 
 
 		 510 aa  633  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2437  RNAse G  61.81 
 
 		 483 aa  592  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0611  ribonuclease  60.51 
 
 		 487 aa  586  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0364  ribonuclease  60.16 
 
 		 483 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2112  ribonuclease G  57.99 
 
 		 483 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.958298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  51.87 
 
 		 492 aa  515  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  51.57 
 
 		 492 aa  514  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2271  ribonuclease G  53.36 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  50.98 
 
 		 496 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  50.98 
 
 		 496 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0860  RNAse G  53.06 
 
 		 485 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605963 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2724  ribonuclease  52.76 
 
 		 493 aa  499  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.590844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  52.47 
 
 		 485 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0407  ribonuclease G  52.07 
 
 		 500 aa  499  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.52955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  50.89 
 
 		 490 aa  501  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  52.47 
 
 		 485 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03106  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00482179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0460  ribonuclease, Rne/Rng family  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.305617  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0460  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0238321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3436  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0339083  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0562  ribonuclease G  51.87 
 
 		 500 aa  496  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.229601  normal  0.227015 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4563  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00461139  normal  0.973198 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  51.27 
 
 		 497 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0977  ribonuclease  52.27 
 
 		 485 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0842  RNAse G  52.47 
 
 		 492 aa  497  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0915958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3729  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0310546  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3278  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0640043  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3542  ribonuclease G  50.99 
 
 		 489 aa  497  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4278  ribonuclease  52.27 
 
 		 485 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3730  ribonuclease G  50.59 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0965713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0937  ribonuclease, Rne/Rng family  51.97 
 
 		 485 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3683  ribonuclease G  50.3 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3668  ribonuclease G  50.59 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.612174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3673  ribonuclease G  50.3 
 
 		 489 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.36069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4159  ribonuclease E and G  52.47 
 
 		 485 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3561  ribonuclease G  50.59 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.026013  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  51.27 
 
 		 497 aa  494  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0944  ribonuclease  52.07 
 
 		 485 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3633  ribonuclease G  50.59 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490544 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3562  ribonuclease G  50.59 
 
 		 489 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2137  ribonuclease  53.47 
 
 		 482 aa  492  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4094  ribonuclease G  52.07 
 
 		 488 aa  489  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4468  ribonuclease G  52.27 
 
 		 485 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.533978  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00268  ribonuclease G  49.6 
 
 		 488 aa  489  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0578  ribonuclease G  51.38 
 
 		 502 aa  489  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.4987  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0267  ribonuclease G  49.7 
 
 		 489 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2838  ribonuclease G  49.41 
 
 		 489 aa  491  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2236  ribonuclease G  51.98 
 
 		 487 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1989  ribonuclease, Rne/Rng family  52.16 
 
 		 504 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0256  ribonuclease G  49.7 
 
 		 489 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0912281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3468  ribonuclease G  51.87 
 
 		 502 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.893805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0483  ribonuclease G  52.07 
 
 		 488 aa  491  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3644  ribonuclease G  51.87 
 
 		 502 aa  488  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0471  ribonuclease G  51.77 
 
 		 502 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12690  Ribonuclease E/G  52.07 
 
 		 485 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.211815  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0522  ribonuclease G  51.38 
 
 		 488 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.440198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0379  ribonuclease G  52.96 
 
 		 484 aa  486  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03681  ribonuclease G  49.6 
 
 		 489 aa  488  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3330  ribonuclease G  50.3 
 
 		 496 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3734  ribonuclease G  51.18 
 
 		 496 aa  487  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3750  ribonuclease G  51.48 
 
 		 502 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.580214  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3831  ribonuclease G  48.92 
 
 		 489 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0266833  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4398  ribonuclease G  50.4 
 
 		 500 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0526  ribonuclease G  51.38 
 
 		 488 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01887  ribonuclease G  51.57 
 
 		 499 aa  485  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>