More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2619 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2619  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 158 aa  310  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  86.08 
 
 		 158 aa  280  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  87.26 
 
 		 158 aa  278  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  84.81 
 
 		 158 aa  272  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  84.81 
 
 		 158 aa  272  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1776  transcription elongation factor GreA  81.65 
 
 		 158 aa  269  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2007  GreA/GreB family elongation factor  82.28 
 
 		 180 aa  268  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  82.91 
 
 		 158 aa  266  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  80.89 
 
 		 158 aa  262  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2821  transcription elongation factor GreA  79.11 
 
 		 158 aa  256  7e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  77.22 
 
 		 168 aa  248  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  72.78 
 
 		 158 aa  234  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  73.42 
 
 		 158 aa  235  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  72.78 
 
 		 158 aa  234  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  72.78 
 
 		 158 aa  234  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  72.78 
 
 		 158 aa  234  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  234  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  233  9e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  72.15 
 
 		 158 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  72.15 
 
 		 158 aa  232  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  72.15 
 
 		 158 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 		 158 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 		 176 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 		 172 aa  229  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2033  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  228  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0850  transcription elongation factor GreA  72.15 
 
 		 158 aa  226  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2174  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 		 158 aa  226  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2192  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 173 aa  226  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0127913  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 158 aa  223  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  70.25 
 
 		 158 aa  221  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1017  transcription elongation factor GreA  70.25 
 
 		 158 aa  221  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1522  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  220  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  66.88 
 
 		 158 aa  218  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  68.15 
 
 		 158 aa  218  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  68.99 
 
 		 158 aa  216  8.999999999999998e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  67.09 
 
 		 158 aa  214  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  68.79 
 
 		 158 aa  214  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  66.46 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  67.74 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  67.74 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 		 159 aa  197  6e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 154 aa  187  5.999999999999999e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  59.09 
 
 		 158 aa  186  9e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 160 aa  186  1e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 160 aa  186  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  60.13 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  61.04 
 
 		 158 aa  185  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  59.09 
 
 		 158 aa  185  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 156 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 171 aa  184  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 159 aa  183  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  180  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  180  7e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  57.59 
 
 		 160 aa  179  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 158 aa  178  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 156 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 156 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 156 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 159 aa  176  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 157 aa  175  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  52.53 
 
 		 158 aa  173  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  54.9 
 
 		 153 aa  171  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 166 aa  171  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 166 aa  171  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 157 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 157 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 168 aa  171  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  53.46 
 
 		 159 aa  171  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 159 aa  170  9e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  53.16 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 156 aa  170  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  58.71 
 
 		 173 aa  169  1e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>