More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2599 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2599  30S ribosomal protein S2  100 
 
 
250 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1823  30S ribosomal protein S2  90.8 
 
 
250 aa  469  1e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2695  30S ribosomal protein S2  88.8 
 
 
250 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284652  normal  0.576692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1758  30S ribosomal protein S2  88.4 
 
 
250 aa  459  1e-128  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2585  30S ribosomal protein S2  86.8 
 
 
250 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.062437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1223  30S ribosomal protein S2  86.4 
 
 
250 aa  454  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.260075  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1438  30S ribosomal protein S2  86.75 
 
 
250 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4948  30S ribosomal protein S2  85.6 
 
 
250 aa  446  1e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.532648 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1989  30S ribosomal protein S2  83.6 
 
 
250 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0218632  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1435  30S ribosomal protein S2  78.63 
 
 
247 aa  411  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1404  30S ribosomal protein S2  78.63 
 
 
247 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1881  30S ribosomal protein S2  78.23 
 
 
247 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717146  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1979  SSU ribosomal protein S2P  78.42 
 
 
240 aa  405  1e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0314895 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1342  30S ribosomal protein S2  77.42 
 
 
247 aa  405  1e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  0.417524 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1278  30S ribosomal protein S2  77.82 
 
 
247 aa  406  1e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235139  normal  0.160579 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2850  ribosomal protein S2  76.61 
 
 
248 aa  399  1e-110  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.274359 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2027  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1257  ribosomal protein S2  73.77 
 
 
309 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.750455  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2052  30S ribosomal protein S2  74.18 
 
 
246 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1921  30S ribosomal protein S2  74.18 
 
 
246 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.407888 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  73.36 
 
 
246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  73.17 
 
 
250 aa  384  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5329  30S ribosomal protein S2  72.95 
 
 
246 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0468316  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  72.36 
 
 
250 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2039  30S ribosomal protein S2  72.95 
 
 
246 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2019  30S ribosomal protein S2  72.95 
 
 
246 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6058  30S ribosomal protein S2  72.95 
 
 
246 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2455  30S ribosomal protein S2  72.8 
 
 
250 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.00181584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1742  30S ribosomal protein S2  71.49 
 
 
248 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1451  30S ribosomal protein S2  72.22 
 
 
249 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  67.2 
 
 
251 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0657  30S ribosomal protein S2  69.35 
 
 
248 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0507  30S ribosomal protein S2  70.51 
 
 
249 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0347407  normal  0.480774 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  69.23 
 
 
249 aa  355  5e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0785  SSU ribosomal protein S2P  70.13 
 
 
248 aa  350  1e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.121352 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0567  30S ribosomal protein S2  63.27 
 
 
256 aa  324  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037045  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1497  ribosomal protein S2  66.37 
 
 
260 aa  324  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1863  30S ribosomal protein S2  60.98 
 
 
248 aa  323  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1466  30S ribosomal protein S2  59.68 
 
 
247 aa  322  5e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.162448  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1159  ribosomal protein S2  63.71 
 
 
275 aa  319  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1673  30S ribosomal protein S2  59.44 
 
 
254 aa  315  6e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1679  30S ribosomal protein S2  59.04 
 
 
254 aa  313  1e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  59.27 
 
 
246 aa  309  3e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1285  ribosomal protein S2  61 
 
 
248 aa  309  3e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.97191e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  59.27 
 
 
246 aa  309  3e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1101  30S ribosomal protein S2  61.3 
 
 
245 aa  306  1e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579602  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1146  30S ribosomal protein S2  61.5 
 
 
245 aa  305  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4186  30S ribosomal protein S2  60.62 
 
 
245 aa  304  8e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1591  30S ribosomal protein S2  60.62 
 
 
245 aa  304  8e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1534  ribosomal protein S2  61.5 
 
 
247 aa  304  8e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4082  30S ribosomal protein S2  60.62 
 
 
245 aa  304  9e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.610461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0808  ribosomal protein S2  59.5 
 
 
269 aa  303  2e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.15468  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1343  30S ribosomal protein S2  61.06 
 
 
247 aa  303  2e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3053  30S ribosomal protein S2  60.79 
 
 
247 aa  303  3e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1454  ribosomal protein S2  56.8 
 
 
244 aa  302  4e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118632  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  60.53 
 
 
246 aa  301  5e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  58.13 
 
 
250 aa  299  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  58.13 
 
 
250 aa  299  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  55.74 
 
 
250 aa  298  5e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1266  30S ribosomal protein S2  60.71 
 
 
267 aa  298  7e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  53.2 
 
 
244 aa  293  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  55.74 
 
 
246 aa  292  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01132  30S ribosomal protein S2  57.26 
 
 
262 aa  288  5e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.252632  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  57.55 
 
 
242 aa  288  8e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  54.8 
 
 
246 aa  286  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  54.66 
 
 
264 aa  284  7e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  54.66 
 
 
264 aa  284  7e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  55.92 
 
 
253 aa  282  4e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  55.28 
 
 
241 aa  281  5e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  55.1 
 
 
243 aa  281  6e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  54.88 
 
 
241 aa  281  6e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  58.04 
 
 
241 aa  281  8e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  58.04 
 
 
241 aa  281  8e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  56.73 
 
 
242 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.65959e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1088  30S ribosomal protein S2  58.22 
 
 
239 aa  279  3e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0768857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  54.29 
 
 
241 aa  278  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  52.85 
 
 
243 aa  277  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  276  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  53.88 
 
 
241 aa  276  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  53.06 
 
 
241 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  53.06 
 
 
241 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.51526e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  53.06 
 
 
241 aa  275  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>