More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2413 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 240 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3370  transcriptional regulator, TetR family  50.26 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0063882  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4661  TetR family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.384248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  27.09 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.23 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.05 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1794  TetR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.152901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.852921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  33.33 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.48 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.48 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  40.32 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  34.11 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 106 aa  57.8  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0882  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.48 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  58 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0967  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.48 
 
 		 224 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  49.09 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0946  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.48 
 
 		 224 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0854  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.48 
 
 		 224 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 212 aa  57  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 232 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  47.17 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  35.56 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  32.39 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4301  transcriptional regulator, TetR family  55.56 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2064  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  48.28 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  48.28 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  50 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3411  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  0.0722688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 208 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  39.24 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  40.68 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.24 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>