More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2376 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2376  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 281 aa  566  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157038  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1946  transcriptional regulator, IclR family  83.52 
 
 		 270 aa  463  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1776  IclR family transcriptional regulator  83.52 
 
 		 270 aa  463  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3106  IclR family transcriptional regulator  84.21 
 
 		 270 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  84.82 
 
 		 259 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1723  regulatory proteins, IclR  85.16 
 
 		 259 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3624  regulatory proteins, IclR  83.97 
 
 		 286 aa  447  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2347  IclR family transcriptional regulator  79.47 
 
 		 263 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4860  IclR family transcriptional regulator  78.52 
 
 		 274 aa  417  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  80.49 
 
 		 256 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2099  IclR family transcriptional regulator  80.41 
 
 		 257 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.734801  normal  0.3554 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1714  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.760018  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2739  IclR regulatory protein  72.16 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1869  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2223  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3097  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.070392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2606  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2661  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1495  IclR family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 270 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.684109  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1465  IclR family transcriptional regulator  71.6 
 
 		 268 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0393345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1138  IclR family transcriptional regulator  69.58 
 
 		 269 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.211589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2042  IclR family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2149  IclR family transcriptional regulator  72.76 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1309  IclR family transcriptional regulator  72.98 
 
 		 262 aa  364  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5438  IclR family transcriptional regulator  72.76 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5945  IclR family transcriptional regulator  72.76 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2169  IclR family transcriptional regulator  71.15 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2132  IclR family transcriptional regulator  72.76 
 
 		 269 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0887225  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2586  transcriptional regulator, IclR family  72.95 
 
 		 268 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119641 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1546  IclR family transcriptional regulator  72.95 
 
 		 268 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0208849  normal  0.0159222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1936  transcriptional regulator, IclR family  72.18 
 
 		 265 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1205  IclR family transcriptional regulator  72.18 
 
 		 261 aa  360  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0230361  normal  0.161906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1608  transcriptional regulator, IclR family  72.18 
 
 		 265 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0247666  normal  0.511449 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1610  transcription regulator protein  72.18 
 
 		 266 aa  358  8e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  67.74 
 
 		 277 aa  348  4e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1081  transcriptional regulator, IclR family  69.34 
 
 		 259 aa  300  1e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199562  normal  0.251697 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1099  transcriptional regulator, IclR family  54.73 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00311315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  54.81 
 
 		 242 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0050  IclR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 257 aa  198  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2031  IclR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 273 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4891  IclR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 262 aa  179  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1365  transcriptional regulator, IclR family  42.33 
 
 		 259 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.490803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1668  transcriptional regulator, IclR family  42.33 
 
 		 259 aa  152  8e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.145248  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  31.75 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  35.97 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  31.85 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  32.67 
 
 		 252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.62 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  34.22 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3865  HTH-type transcriptional regulator  34.4 
 
 		 266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  34.4 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  34.4 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  34.4 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  36.75 
 
 		 254 aa  129  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  32.02 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3990  hth-type tranScriptional regulator yiaj  34 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.776659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3945  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  34 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.650339 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4071  IclR family transcriptional regulator  34 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4051  HTH-type transcriptional regulator YiaJ  34 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.726111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3881  hth-type tranScriptional regulator yiaj  34 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 246 aa  127  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  33.2 
 
 		 246 aa  127  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.54 
 
 		 280 aa  126  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  31.87 
 
 		 252 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3687  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 272 aa  122  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3884  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 272 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  32 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  30.29 
 
 		 255 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.92 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26680  transcriptional regulator  33.61 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0674048  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0516  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  32.24 
 
 		 263 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  31.45 
 
 		 265 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.43 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 267 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  32.5 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  32.93 
 
 		 256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  32.93 
 
 		 256 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  32.26 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>