More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2334 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  100 
 
 
344 aa  699    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  82.27 
 
 
349 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  67.15 
 
 
371 aa  486  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  68.51 
 
 
348 aa  473  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  65.23 
 
 
349 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  65.54 
 
 
349 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  66.67 
 
 
349 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  64.04 
 
 
347 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  64.04 
 
 
347 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  64.38 
 
 
340 aa  434  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.35 
 
 
345 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  62.04 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.73 
 
 
345 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  56.29 
 
 
344 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  55.73 
 
 
346 aa  359  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.41 
 
 
346 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  51.44 
 
 
353 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  49.03 
 
 
361 aa  333  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  48.69 
 
 
355 aa  325  6e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  50.81 
 
 
338 aa  308  9e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  46.98 
 
 
332 aa  293  3e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  44.31 
 
 
346 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  42.86 
 
 
346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  45.63 
 
 
332 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  39.35 
 
 
340 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  42.07 
 
 
341 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 
341 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 
336 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  39.64 
 
 
333 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  40.32 
 
 
340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  41.42 
 
 
342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  39.68 
 
 
334 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  39.68 
 
 
334 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  34.76 
 
 
336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  37.1 
 
 
337 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  35.18 
 
 
336 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  35.9 
 
 
349 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  35.17 
 
 
349 aa  209  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  35.83 
 
 
356 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  37.42 
 
 
364 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  37.42 
 
 
337 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  36.16 
 
 
337 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  37.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  37.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  37.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  37.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.75 
 
 
336 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  37.09 
 
 
337 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  37.42 
 
 
337 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  35.39 
 
 
328 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.03 
 
 
348 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.42 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  35.15 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  36.09 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.76 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.77 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.33 
 
 
345 aa  195  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.1 
 
 
334 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.43 
 
 
334 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.43 
 
 
334 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.43 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.1 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.42 
 
 
332 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  29.75 
 
 
376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  25.41 
 
 
391 aa  97.8  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  24.77 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0806  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  29 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.488938  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1483  ABC transporter substrate-binding protein  26.2 
 
 
330 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.31 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  24.3 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  30.17 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  27.27 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  25.65 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  26.15 
 
 
365 aa  70.1  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34300  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  28.82 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2277  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.66 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191617  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.21 
 
 
314 aa  69.7  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  27.06 
 
 
357 aa  68.9  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.07 
 
 
322 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  23.32 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2564  putative ABC transporter, periplasmic subunit  34.51 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.365629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0266  NMT1/THI5 like domain protein  27.3 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.312265  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
319 aa  67  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.34 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2209  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.26 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00476916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  27.31 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.92 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0337  putative ABC transporter, substrate-binding protein  22.61 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2673  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.89 
 
 
326 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416834  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0325  NMT1/THI5 like domain protein  29.06 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  30.38 
 
 
343 aa  64.3  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2782  ABC transporter substrate-binding protein  25.3 
 
 
332 aa  63.5  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1999  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.65 
 
 
331 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
322 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  31.58 
 
 
322 aa  63.5  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 
322 aa  63.2  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0405  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  25.94 
 
 
331 aa  63.2  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3454  ABC transporter, substrate-binding protein  22.34 
 
 
334 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.69 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.302787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>