More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2332 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2332  recombination protein RecR  100 
 
 		 196 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1459  recombination protein RecR  81.63 
 
 		 196 aa  326  1.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.325048  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1509  recombination protein RecR  77.55 
 
 		 196 aa  318  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2348  recombination protein RecR  77.55 
 
 		 196 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2646  recombination protein RecR  80 
 
 		 199 aa  316  1e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.004729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0509  recombination protein RecR  76.53 
 
 		 196 aa  309  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2532  recombination protein RecR  76.02 
 
 		 196 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0955394  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  72.45 
 
 		 196 aa  297  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2270  recombination protein RecR  71.15 
 
 		 208 aa  295  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.695471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1672  recombination protein RecR  70.19 
 
 		 208 aa  293  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.465594 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1974  recombination protein RecR  73.47 
 
 		 198 aa  289  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.181193 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0953  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  275  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0143869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2359  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  272  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0253642  normal  0.0767451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1828  recombination protein RecR  66.33 
 
 		 198 aa  271  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.872304  normal  0.176292 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1448  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  270  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.672382  normal  0.0921659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1763  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  270  9e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1736  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  270  9e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.0799588 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1038  recombination protein RecR  67.35 
 
 		 206 aa  269  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.413598 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2110  recombination protein RecR  67.84 
 
 		 204 aa  269  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315118  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5126  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  269  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00768296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1849  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41197  normal  0.133584 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6254  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0609451  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1825  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 198 aa  269  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287441  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1130  recombination protein RecR  66.84 
 
 		 206 aa  268  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2221  recombination protein RecR  67.71 
 
 		 200 aa  267  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.325098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2371  recombination protein RecR  67.19 
 
 		 202 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2204  recombination protein RecR  67.71 
 
 		 200 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0167487  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2242  recombination protein RecR  67.71 
 
 		 200 aa  267  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0434311  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1849  recombination protein RecR  67.19 
 
 		 200 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00281563  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1359  recombination protein RecR  67.19 
 
 		 200 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.604607  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0047  recombination protein RecR  67.19 
 
 		 200 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.612857  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1121  recombination protein RecR  67.19 
 
 		 200 aa  266  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2127  recombination protein RecR  65.83 
 
 		 204 aa  263  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.441017  normal  0.634686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1194  recombination protein RecR  67.86 
 
 		 207 aa  256  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.381578  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0517  recombination protein RecR  64.06 
 
 		 197 aa  249  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.592608 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  60.31 
 
 		 199 aa  247  8e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  0.00000103011 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0702  recombination protein RecR  59.3 
 
 		 204 aa  245  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  60.2 
 
 		 199 aa  244  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0646  recombination protein RecR  59.8 
 
 		 204 aa  244  8e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1574  recombination protein RecR  58.16 
 
 		 199 aa  238  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  unclonable  0.000000162046 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1401  recombination protein RecR  59.9 
 
 		 197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1337  recombinational DNA repair protein  55.26 
 
 		 197 aa  227  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.43328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  58.46 
 
 		 203 aa  224  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1508  recombination protein RecR  58.42 
 
 		 199 aa  222  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0537537  normal  0.426443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3037  recombination protein RecR  56.63 
 
 		 201 aa  216  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1075  recombination protein RecR  58.03 
 
 		 197 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0574  recombination protein RecR  57.36 
 
 		 200 aa  214  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000410882  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03085  recombination protein RecR  57.07 
 
 		 194 aa  211  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0859  recombination protein RecR  52.85 
 
 		 199 aa  211  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02441  recombination protein RecR  52.08 
 
 		 197 aa  211  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0952  recombination protein RecR  56.12 
 
 		 201 aa  211  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.051321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1021  recombination protein RecR  55.33 
 
 		 201 aa  211  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541462  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2645  recombination protein RecR  56.63 
 
 		 199 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  54.69 
 
 		 196 aa  209  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2895  recombination protein RecR  54.79 
 
 		 200 aa  209  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3690  recombination protein RecR  51.78 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2595  RecR protein  53.4 
 
 		 199 aa  208  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00242938  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0771  recombination protein RecR  54.79 
 
 		 197 aa  207  5e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1087  recombination protein RecR  53.3 
 
 		 200 aa  208  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  50 
 
 		 197 aa  207  7e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  50 
 
 		 197 aa  207  7e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1308  recombination protein RecR  54.31 
 
 		 201 aa  207  8e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265038  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  54.31 
 
 		 201 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3832  recombination protein RecR  55.33 
 
 		 200 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.539989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  53.81 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1137  recombination protein RecR  54.08 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.1524  unclonable  0.0000000160552 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00423  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0108888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3138  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00115483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0563  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0205035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0515  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0104504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2891  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  206  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.860554  normal  0.0804911 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0549  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0169902  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0404  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00880245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3057  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0510  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00333921  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3144  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000102552  normal  0.0467861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0531  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0537  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.152096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0591  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0547  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0531  recombination protein RecR  54.59 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44610  recombination protein RecR  56.63 
 
 		 198 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.235567 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1121  recombination protein RecR  50.26 
 
 		 198 aa  204  6e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4267  recombination protein RecR  54.82 
 
 		 200 aa  204  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1601  recombination protein RecR  54.82 
 
 		 200 aa  204  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.973097  normal  0.137201 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1215  recombination protein RecR  50.26 
 
 		 198 aa  204  9e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3799  recombination protein RecR  56.12 
 
 		 198 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1808  recombination protein RecR  54.82 
 
 		 200 aa  203  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19850  recombination protein RecR  54.08 
 
 		 199 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3196  recombination protein RecR  55.91 
 
 		 191 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.49485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3396  recombination protein RecR  53.3 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0105717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2233  recombination protein RecR  55.43 
 
 		 199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324315  hitchhiker  0.000184375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1611  recombination protein RecR  50 
 
 		 200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315975  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1921  recombination protein RecR  54.08 
 
 		 199 aa  198  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1593  recombination protein RecR  54.08 
 
 		 199 aa  198  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.198008  normal  0.0655144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3585  recombination protein RecR  53.81 
 
 		 200 aa  198  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2532  recombination protein RecR  51.58 
 
 		 197 aa  198  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.200135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0230  recombination protein RecR  54.74 
 
 		 201 aa  197  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1312  recombination protein RecR  53.68 
 
 		 199 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000599572  normal  0.10008 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2272  recombination protein RecR  48.98 
 
 		 199 aa  194  5.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>