259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2156 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2156  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 243 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2616  ribose-5-phosphate isomerase A  82.06 
 
 		 249 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3987  ribose-5-phosphate isomerase A  78.32 
 
 		 230 aa  358  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195243  normal  0.0478731 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2857  ribose-5-phosphate isomerase A  77.53 
 
 		 240 aa  351  5.9999999999999994e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2131  ribose-5-phosphate isomerase A  72.31 
 
 		 229 aa  344  6e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0785663 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2206  ribose-5-phosphate isomerase A  72.73 
 
 		 234 aa  343  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1651  ribose-5-phosphate isomerase A  72.31 
 
 		 229 aa  343  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  75 
 
 		 230 aa  335  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1934  ribose-5-phosphate isomerase A  75.34 
 
 		 255 aa  333  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1056  ribose-5-phosphate isomerase A  71.88 
 
 		 220 aa  311  6.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2134  ribose-5-phosphate isomerase A  70.4 
 
 		 219 aa  307  9e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1521  ribose-5-phosphate isomerase A  62.78 
 
 		 219 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414948  decreased coverage  0.0000820366 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2516  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 235 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0426683  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4691  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411852  normal  0.781513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2538  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal  0.356045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1450  ribose-5-phosphate isomerase A  60.09 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1709  ribose-5-phosphate isomerase A  60.53 
 
 		 231 aa  271  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1683  ribose-5-phosphate isomerase A  60.53 
 
 		 235 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1471  ribose-5-phosphate isomerase A  59.21 
 
 		 230 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  62.44 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  60.73 
 
 		 218 aa  259  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  60.63 
 
 		 220 aa  258  6e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  61.99 
 
 		 219 aa  258  7e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  61.64 
 
 		 218 aa  258  9e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3924  ribose-5-phosphate isomerase A  59.46 
 
 		 239 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.266536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  61.54 
 
 		 231 aa  256  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2542  ribose-5-phosphate isomerase A  61.19 
 
 		 218 aa  255  5e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  60.36 
 
 		 219 aa  255  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1693  ribose-5-phosphate isomerase A  60.96 
 
 		 231 aa  254  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3877  ribose-5-phosphate isomerase A  61.09 
 
 		 238 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  59.55 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  61.88 
 
 		 220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0519  ribose 5-phosphate isomerase  61.43 
 
 		 220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 220 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0898  ribose-5-phosphate isomerase A  59.46 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000872466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  58.56 
 
 		 218 aa  253  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  59.82 
 
 		 218 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1525  ribose-5-phosphate isomerase A  59.65 
 
 		 231 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1069  ribose-5-phosphate isomerase A  59.65 
 
 		 231 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1549  ribose-5-phosphate isomerase A  59.65 
 
 		 231 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  57.66 
 
 		 218 aa  251  9.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1150  ribose-5-phosphate isomerase A  59.73 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0816  ribose-5-phosphate isomerase A  58.74 
 
 		 219 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0974  ribose-5-phosphate isomerase A  59.73 
 
 		 219 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.461351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  59.73 
 
 		 219 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  59.73 
 
 		 219 aa  249  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1168  ribose-5-phosphate isomerase A  60.53 
 
 		 228 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00449603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0858  ribose-5-phosphate isomerase A  58.37 
 
 		 218 aa  248  9e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1232  ribose-5-phosphate isomerase A  60.09 
 
 		 228 aa  248  9e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0408833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0855  ribose-5-phosphate isomerase A  58.37 
 
 		 218 aa  248  9e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000367757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3822  ribose-5-phosphate isomerase A  58.37 
 
 		 218 aa  248  9e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0108055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1076  ribose-5-phosphate isomerase A  60.09 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.956301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2088  ribose-5-phosphate isomerase A  58.33 
 
 		 228 aa  244  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  58.3 
 
 		 219 aa  244  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1526  ribose-5-phosphate isomerase A  60.18 
 
 		 220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0355  ribose-5-phosphate isomerase A  57.92 
 
 		 218 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.991442  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  57.52 
 
 		 232 aa  240  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2068  ribose-5-phosphate isomerase A  59.65 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2667  ribose-5-phosphate isomerase A  56.56 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  58.37 
 
 		 218 aa  238  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  56.82 
 
 		 219 aa  236  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2736  ribose-5-phosphate isomerase A  58.82 
 
 		 219 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  56.56 
 
 		 218 aa  235  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  57.08 
 
 		 220 aa  236  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  56.64 
 
 		 220 aa  232  5e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202684  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  55.2 
 
 		 221 aa  230  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  56.56 
 
 		 220 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  56.31 
 
 		 218 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4136  ribose 5-phosphate isomerase  55.31 
 
 		 223 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00349227  hitchhiker  0.00000000166181 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  54.95 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  54.75 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0315  ribose-5-phosphate isomerase A  53.54 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1264  ribose-5-phosphate isomerase A  51.95 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4223  ribose-5-phosphate isomerase A  53.95 
 
 		 237 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0647  ribose-5-phosphate isomerase A  50.45 
 
 		 223 aa  224  1e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.807989  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0123  ribose-5-phosphate isomerase A  51.58 
 
 		 219 aa  223  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1176  ribose-5-phosphate isomerase A  55 
 
 		 219 aa  222  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5150  ribose-5-phosphate isomerase A  52.65 
 
 		 224 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5057  ribose-5-phosphate isomerase A  52.65 
 
 		 224 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  52.65 
 
 		 224 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0422  ribose-5-phosphate isomerase A  53.98 
 
 		 223 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04310  ribose-5-phosphate isomerase A  53.54 
 
 		 223 aa  218  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000120698  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>