More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2135 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2135  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 308 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1559  putative transmembrane protein  70.44 
 
 		 307 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2810  hypothetical protein  58.76 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.834647  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2864  hypothetical protein  51.74 
 
 		 319 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01886  hypothetical protein  45.55 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4921  hypothetical protein  44.64 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.876528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4465  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.26 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164822  normal  0.648078 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4599  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.26 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1323  hypothetical protein  42.91 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2858  hypothetical protein  43.75 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2779  hypothetical protein  43.75 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.399846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63230  hypothetical protein  44.48 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4298  hypothetical protein  43.71 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.528973  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5505  hypothetical protein  44.61 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4767  hypothetical protein  44.22 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0878197  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4642  hypothetical protein  43.88 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0734055  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0653  hypothetical protein  43.29 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.005138  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4780  hypothetical protein  44.44 
 
 		 304 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4675  hypothetical protein  45.2 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1451  hypothetical protein  41.72 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.680814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0992  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.106894  normal  0.426816 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0924  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1225  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.157758  normal  0.931863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1129  hypothetical protein  39.46 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2149  hypothetical protein  39.46 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.327458 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2206  hypothetical protein  39.46 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.500007 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2153  hypothetical protein  39.46 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0413496 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1251  hypothetical protein  39.02 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.948426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0248  hypothetical protein  41.45 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0458948  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1690  carboxylate/amino acid/amine transporter  38.41 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00295335  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1684  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0157316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2737  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147206  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2061  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0126346  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2192  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000992606  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1580  hypothetical protein  45.27 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2549  hypothetical protein  37.68 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.167273  normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1832  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.51 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.429903  normal  0.305907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2664  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.06 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1451  DMT family permease  34.91 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.218216 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  31.94 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1516  hypothetical protein  34.07 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1376  hypothetical protein  36.33 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.87 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4054  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.58 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0278904  normal  0.0935667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0284  hypothetical protein  32.75 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2045  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.49 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0682839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5590  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.46 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0480903  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0659  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.79 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0382  hypothetical protein  36.08 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1183  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.51 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.67 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1941  hypothetical protein  32.16 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000469065 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0439  hypothetical protein  33.56 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0956  peptide methionine sulfoxide reductase  33.01 
 
 		 519 aa  97.1  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.890834  normal  0.773597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3994  DMT family permease  33.21 
 
 		 318 aa  95.5  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02859  integral membrane protein  39.51 
 
 		 159 aa  92.4  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2080  hypothetical protein  31.45 
 
 		 494 aa  92.4  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.50066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1203  hypothetical protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0889205  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1407  integral membrane protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3083  hypothetical protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1535  integral membrane protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0489  hypothetical protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.701558  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0663  hypothetical protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.467844  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1402  integral membrane protein  31.6 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6954  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.67 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.850807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4337  hypothetical protein  30.8 
 
 		 414 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1110  hypothetical protein  31.47 
 
 		 392 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2838  hypothetical protein  31.03 
 
 		 311 aa  86.7  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1111  hypothetical protein  31.56 
 
 		 392 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.948246  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10038  transporter, putative  29.07 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1201  hypothetical protein  30.91 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204073  normal  0.800505 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0747  hypothetical protein  30.51 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.530667  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1228  hypothetical protein  30.51 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5619  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.17 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.226332 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  30.55 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2045  hypothetical protein  32.23 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.225054  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1908  hypothetical protein  32.23 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.760547  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0868  hypothetical protein  32.23 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000733686  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0726  hypothetical protein  31.29 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2702  hypothetical protein  32.23 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.475299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0709  hypothetical protein  31.29 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3217  membrane protein  31.87 
 
 		 395 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000559917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3202  integral membrane protein  32.23 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1406  hypothetical protein  31.54 
 
 		 414 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0104528  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3163  integral membrane protein  32.23 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.08673  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3922  hypothetical protein  32.66 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.939787 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2188  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.53 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.723736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1729  hypothetical protein  24.33 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.520137  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  28.73 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0346  hypothetical protein  32.53 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.548669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0830  hypothetical protein  32.53 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100508  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4075  hypothetical protein  30.94 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0799  hypothetical protein  32.53 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.818356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  27.9 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4259  hypothetical protein  31.11 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.83 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.12 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1957  putative transmembrane protein  28.44 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4613  membrane protein  26.39 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>