More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2078 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  55.44 
 
 		 679 aa  645    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  100 
 
 		 677 aa  1340    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  55.6 
 
 		 683 aa  661    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  56 
 
 		 688 aa  663    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  53.49 
 
 		 681 aa  635    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  56.61 
 
 		 687 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  57.48 
 
 		 679 aa  657    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  53.77 
 
 		 683 aa  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  56.06 
 
 		 680 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  56 
 
 		 688 aa  663    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  57.39 
 
 		 689 aa  637    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  54.75 
 
 		 684 aa  647    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  55.18 
 
 		 690 aa  634  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  55.47 
 
 		 687 aa  629  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  53.51 
 
 		 682 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  54.87 
 
 		 692 aa  611  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  53.64 
 
 		 684 aa  610  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  37.16 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  38.7 
 
 		 667 aa  369  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  38.77 
 
 		 636 aa  351  2e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  38.46 
 
 		 740 aa  350  7e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  39.75 
 
 		 754 aa  347  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  40.19 
 
 		 765 aa  346  8e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  59.17 
 
 		 597 aa  342  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  37.14 
 
 		 709 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  34.47 
 
 		 708 aa  309  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  35 
 
 		 751 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  35.61 
 
 		 714 aa  306  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  34.35 
 
 		 709 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  35.51 
 
 		 715 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  36.47 
 
 		 703 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  35.68 
 
 		 714 aa  303  5.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  36.7 
 
 		 727 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  36.61 
 
 		 714 aa  303  9e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  35.16 
 
 		 685 aa  302  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  34.63 
 
 		 706 aa  296  7e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  34.63 
 
 		 706 aa  296  7e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  35.02 
 
 		 711 aa  286  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  35.55 
 
 		 623 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  34.76 
 
 		 694 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  35.14 
 
 		 703 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  36.29 
 
 		 687 aa  282  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  36.8 
 
 		 694 aa  282  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  35.94 
 
 		 712 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  36.02 
 
 		 709 aa  280  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  35.46 
 
 		 706 aa  279  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  34.08 
 
 		 694 aa  278  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  34.92 
 
 		 687 aa  277  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  35.13 
 
 		 708 aa  276  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  34.79 
 
 		 615 aa  274  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  34.15 
 
 		 713 aa  274  5.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  34.28 
 
 		 759 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  34.47 
 
 		 687 aa  273  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  33.71 
 
 		 703 aa  273  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  34.08 
 
 		 713 aa  270  5e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  34.58 
 
 		 734 aa  270  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  33.28 
 
 		 726 aa  269  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  33.43 
 
 		 696 aa  265  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  34.07 
 
 		 717 aa  264  4e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  32.93 
 
 		 717 aa  263  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  34.12 
 
 		 654 aa  259  9e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  33.6 
 
 		 645 aa  258  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  32.63 
 
 		 716 aa  251  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  32 
 
 		 723 aa  239  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  31.11 
 
 		 669 aa  216  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  33.63 
 
 		 577 aa  212  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  33.56 
 
 		 577 aa  208  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  32.57 
 
 		 582 aa  206  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  33.08 
 
 		 528 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  30.43 
 
 		 654 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  30.77 
 
 		 652 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  33.79 
 
 		 546 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  29.42 
 
 		 654 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  29.27 
 
 		 652 aa  195  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  31.49 
 
 		 536 aa  191  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  31.04 
 
 		 670 aa  190  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  37.54 
 
 		 380 aa  179  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  29.61 
 
 		 662 aa  174  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  29.87 
 
 		 662 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  27.86 
 
 		 690 aa  161  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  26.32 
 
 		 729 aa  140  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  28.91 
 
 		 660 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  34.84 
 
 		 624 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  35.27 
 
 		 624 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  27.61 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  27.61 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  35.61 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  27.61 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  34.26 
 
 		 624 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  28.78 
 
 		 660 aa  127  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4969  ParB-like nuclease  34.94 
 
 		 295 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.522723 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  35.4 
 
 		 485 aa  121  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  31.19 
 
 		 595 aa  117  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  33.46 
 
 		 369 aa  114  8.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  29.69 
 
 		 623 aa  113  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0011  hypothetical protein  27.67 
 
 		 422 aa  111  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  37.25 
 
 		 785 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  34.38 
 
 		 603 aa  94.4  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  44.22 
 
 		 156 aa  92.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  34.38 
 
 		 607 aa  92.4  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>