More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2066 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  57.71 
 
 		 683 aa  776    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  56.63 
 
 		 683 aa  781    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  54.35 
 
 		 693 aa  732    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  56.93 
 
 		 683 aa  788    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  81.49 
 
 		 686 aa  1159    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 709 aa  1451    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  62.29 
 
 		 667 aa  814    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  56.64 
 
 		 683 aa  762    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  67.96 
 
 		 678 aa  899    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  42.71 
 
 		 681 aa  510  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  40.41 
 
 		 688 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 687 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  26.06 
 
 		 692 aa  107  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  30.11 
 
 		 656 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.94 
 
 		 703 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 742 aa  85.1  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 682 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  21.89 
 
 		 703 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 681 aa  81.3  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 694 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.45 
 
 		 681 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 739 aa  77  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 770 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 696 aa  75.1  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  23.27 
 
 		 704 aa  75.1  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 781 aa  75.1  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  22.44 
 
 		 710 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  22.58 
 
 		 710 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  22.76 
 
 		 696 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  23.27 
 
 		 675 aa  72.8  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2121  TonB-dependent siderophore receptor  21.9 
 
 		 693 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000812539  normal  0.443663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  22.47 
 
 		 760 aa  73.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 656 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  22.68 
 
 		 701 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  32.78 
 
 		 646 aa  72  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  23.24 
 
 		 646 aa  72  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2342  TonB-dependent siderophore receptor  21.9 
 
 		 693 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000105633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  23.43 
 
 		 716 aa  70.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 627 aa  70.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  22.92 
 
 		 696 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.11 
 
 		 705 aa  70.5  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  21.23 
 
 		 787 aa  70.5  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 665 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  22.02 
 
 		 709 aa  69.3  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 652 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  20.55 
 
 		 741 aa  69.3  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  24.51 
 
 		 704 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3442  TonB-dependent siderophore receptor  21.69 
 
 		 713 aa  68.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.827795  normal  0.101631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  24.51 
 
 		 704 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 740 aa  68.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  23.33 
 
 		 659 aa  68.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.56 
 
 		 691 aa  68.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 653 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 653 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3280  TonB-dependent siderophore receptor  22.63 
 
 		 802 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118195  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  22.14 
 
 		 701 aa  68.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  22.22 
 
 		 729 aa  68.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  23.5 
 
 		 733 aa  67.4  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.67 
 
 		 653 aa  67  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2462  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 724 aa  67  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0510  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.92 
 
 		 680 aa  67  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.382474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4886  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 730 aa  67  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.928986 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 653 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 		 653 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3412  ferrichrome iron receptor  25.81 
 
 		 691 aa  65.5  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000883951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  21.05 
 
 		 725 aa  65.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  26.44 
 
 		 659 aa  65.9  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  28.09 
 
 		 775 aa  65.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  27.52 
 
 		 653 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  21 
 
 		 799 aa  65.5  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  21.25 
 
 		 734 aa  65.1  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 736 aa  64.7  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 668 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  27.52 
 
 		 653 aa  64.7  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 632 aa  64.7  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  22.26 
 
 		 701 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 736 aa  64.7  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 680 aa  64.3  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  26.07 
 
 		 701 aa  64.3  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 708 aa  63.9  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  26.72 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  33.15 
 
 		 628 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  21.14 
 
 		 719 aa  63.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 742 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  25.91 
 
 		 708 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 666 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  31.79 
 
 		 664 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 710 aa  62.8  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 641 aa  63.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2016  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 821 aa  62.8  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.24409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  21.03 
 
 		 792 aa  63.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 720 aa  63.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  22.93 
 
 		 727 aa  63.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1841  TonB-dependent siderophore receptor  20.86 
 
 		 696 aa  62  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000240616  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  21.14 
 
 		 634 aa  62.4  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 705 aa  62.4  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3191  TonB-dependent receptor  20.99 
 
 		 720 aa  62  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126534  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  20.96 
 
 		 690 aa  61.6  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>