257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1986 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 101 aa  201  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 86 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 80 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 81 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 72 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 72 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.97 
 
 		 72 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.45 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  43.59 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 78 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  44.93 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 76 aa  59.3  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 105 aa  57.8  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  48.44 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  42.42 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.81 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 112 aa  57  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 85 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0734  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  50 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  50 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  29.85 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  39.44 
 
 		 175 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 120 aa  53.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2538  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 145 aa  53.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0200677  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  35.82 
 
 		 70 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 390 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 97 aa  50.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 255 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 66 aa  50.4  0.000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 112 aa  50.1  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  37.31 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 185 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 371 aa  48.1  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  35.82 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 255 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 178 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 178 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 98 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 88 aa  47.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 185 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 93 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 93 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 131 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 70 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>