257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1921 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 775 aa  1553    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  49.48 
 
 		 834 aa  729    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  47.05 
 
 		 783 aa  633  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.79 
 
 		 790 aa  594  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  39.04 
 
 		 842 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  38.65 
 
 		 766 aa  456  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  38.39 
 
 		 803 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  38.65 
 
 		 766 aa  456  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  38.52 
 
 		 984 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  38.39 
 
 		 766 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  38.59 
 
 		 766 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  38.52 
 
 		 766 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.24 
 
 		 794 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  36.17 
 
 		 786 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.82 
 
 		 748 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.86 
 
 		 849 aa  432  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.07 
 
 		 816 aa  426  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.17 
 
 		 785 aa  422  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.68 
 
 		 808 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.53 
 
 		 765 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.42 
 
 		 797 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.47 
 
 		 797 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.25 
 
 		 781 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  35.09 
 
 		 790 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  34.93 
 
 		 766 aa  360  7e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  34.68 
 
 		 790 aa  360  8e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.95 
 
 		 789 aa  359  9.999999999999999e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.88 
 
 		 786 aa  354  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.95 
 
 		 788 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  34.71 
 
 		 803 aa  349  9e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  34.57 
 
 		 810 aa  348  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  34.71 
 
 		 782 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  34.71 
 
 		 803 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  34.57 
 
 		 803 aa  347  5e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.91 
 
 		 794 aa  342  2e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.61 
 
 		 815 aa  339  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  31.48 
 
 		 815 aa  338  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  31.48 
 
 		 815 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.98 
 
 		 782 aa  333  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.9 
 
 		 807 aa  326  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  31.9 
 
 		 814 aa  326  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  30.04 
 
 		 754 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.53 
 
 		 798 aa  271  4e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.03 
 
 		 778 aa  266  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.44 
 
 		 791 aa  264  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  28.31 
 
 		 804 aa  251  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  29.87 
 
 		 765 aa  233  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  28.43 
 
 		 788 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  28.48 
 
 		 834 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.26 
 
 		 734 aa  158  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.62 
 
 		 778 aa  150  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.87 
 
 		 778 aa  147  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.33 
 
 		 778 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.92 
 
 		 837 aa  91.3  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.52 
 
 		 841 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  22.4 
 
 		 863 aa  89  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  22.4 
 
 		 838 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.29 
 
 		 838 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  22.4 
 
 		 838 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  22.4 
 
 		 838 aa  87.8  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.41 
 
 		 852 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  22.5 
 
 		 838 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.25 
 
 		 838 aa  85.1  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.09 
 
 		 831 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  26.41 
 
 		 836 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  24.17 
 
 		 837 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.36 
 
 		 852 aa  80.1  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.38 
 
 		 823 aa  77.8  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  33.5 
 
 		 836 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  32.86 
 
 		 836 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  33.17 
 
 		 836 aa  76.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  24.78 
 
 		 888 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  23.91 
 
 		 844 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4579  CshB porin  27.36 
 
 		 812 aa  74.3  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.363192 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.29 
 
 		 875 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.29 
 
 		 875 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  22.45 
 
 		 809 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  22.45 
 
 		 809 aa  72  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  22.45 
 
 		 809 aa  72  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.53 
 
 		 853 aa  71.6  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.92 
 
 		 832 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  22.28 
 
 		 809 aa  71.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.63 
 
 		 867 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.57 
 
 		 840 aa  70.1  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  22.28 
 
 		 809 aa  70.5  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  22.68 
 
 		 869 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  22.68 
 
 		 869 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  28.12 
 
 		 840 aa  69.7  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  22.43 
 
 		 869 aa  70.1  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  22.68 
 
 		 869 aa  69.3  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  23.32 
 
 		 829 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  23.38 
 
 		 823 aa  68.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  23.38 
 
 		 823 aa  68.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.56 
 
 		 866 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  23.32 
 
 		 829 aa  68.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.75 
 
 		 1040 aa  68.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.63 
 
 		 963 aa  68.2  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03367  P pilus assembly protein, porin PapC  27.3 
 
 		 796 aa  67.4  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  24.34 
 
 		 839 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.55 
 
 		 869 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>