More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1905 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  100 
 
 
286 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.35 
 
 
270 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  53.99 
 
 
270 aa  303  2e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3386  putative outermembrane signal peptide protein  58.61 
 
 
529 aa  303  2e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  58.44 
 
 
268 aa  303  2e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  52.9 
 
 
270 aa  301  6e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  52.54 
 
 
271 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  52.54 
 
 
271 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  52.54 
 
 
271 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  52.54 
 
 
271 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  52.54 
 
 
271 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3593  lipoprotein, YaeC family  56.15 
 
 
268 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  8.1124e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  55.43 
 
 
264 aa  296  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3271  lipoprotein, YaeC family  55.74 
 
 
268 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  8.95864e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  53.26 
 
 
271 aa  295  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5310  YaeC family lipoprotein  57.61 
 
 
268 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4767  YaeC family lipoprotein  57.61 
 
 
268 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2103  D-methionine-binding lipoprotein metQ  54.85 
 
 
269 aa  294  9e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83423  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0787  D-methionine-binding lipoprotein metQ  54.85 
 
 
266 aa  294  9e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1501  D-methionine-binding lipoprotein metQ  54.85 
 
 
269 aa  294  9e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.806114  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0371  YaeC family lipoprotein  54.85 
 
 
259 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.97 
 
 
272 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3343  YaeC family lipoprotein  56.38 
 
 
268 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00298632 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0468  YaeC family lipoprotein  54.85 
 
 
259 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  55.14 
 
 
272 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  51.45 
 
 
271 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  55.14 
 
 
281 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.14 
 
 
272 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.14 
 
 
272 aa  292  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.14 
 
 
272 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.14 
 
 
272 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  55.14 
 
 
272 aa  292  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1802  D-methionine-binding lipoprotein metQ  54.48 
 
 
259 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  56.15 
 
 
268 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  56.15 
 
 
268 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2134  D-methionine-binding lipoprotein metQ  52.26 
 
 
297 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5436  lipoprotein YaeC  55.74 
 
 
268 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0226  YaeC family lipoprotein  55.56 
 
 
268 aa  286  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.951808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  58.85 
 
 
272 aa  286  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  50.18 
 
 
266 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  48.68 
 
 
271 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  50.56 
 
 
270 aa  275  9e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0863  lipoprotein, YaeC family  52.9 
 
 
266 aa  274  1e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136461  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0792  lipoprotein, YaeC family  52.54 
 
 
266 aa  273  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.375673 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  55.07 
 
 
266 aa  272  4e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  55.07 
 
 
266 aa  272  4e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0922  signal peptide protein  53.26 
 
 
266 aa  271  9e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  52.9 
 
 
281 aa  268  9e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  52.65 
 
 
262 aa  266  3e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3789  lipoprotein, YaeC family  50.9 
 
 
274 aa  265  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2551  lipoprotein YaeC  52.54 
 
 
265 aa  265  9e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  53.11 
 
 
259 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  50.72 
 
 
264 aa  255  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  48.08 
 
 
262 aa  254  9e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  46.82 
 
 
271 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  46.82 
 
 
271 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  46.82 
 
 
271 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  46.82 
 
 
271 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  46.82 
 
 
271 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  50.82 
 
 
257 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  46.52 
 
 
259 aa  248  8e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  48.97 
 
 
271 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.34725e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3855  DL-methionine transporter subunit  53.25 
 
 
273 aa  247  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.704554 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0209  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.97 
 
 
271 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.127497  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.97 
 
 
271 aa  248  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  46.15 
 
 
259 aa  247  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00196  DL-methionine transporter subunit  48.56 
 
 
271 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0191  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.56 
 
 
271 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0075131  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0204  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.56 
 
 
271 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.08912e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  46.52 
 
 
259 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00195  hypothetical protein  48.56 
 
 
271 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00217092  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0201  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.56 
 
 
271 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.002525  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2243  YaeC family lipoprotein  52.67 
 
 
265 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567581  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3755  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  44.69 
 
 
271 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  7.28433e-09  normal  0.0858323 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2986  lipoprotein, YaeC family  52.7 
 
 
265 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.00263956 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  46.36 
 
 
267 aa  245  6e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  46.36 
 
 
267 aa  245  6e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0208  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  48.15 
 
 
271 aa  244  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183748  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0997  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  51.87 
 
 
265 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903774  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0582  lipoprotein YaeC  51.44 
 
 
264 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.462482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1041  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  45.42 
 
 
271 aa  244  2e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14817e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1020  YaeC family lipoprotein  51.44 
 
 
264 aa  243  2e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1061  YaeC family lipoprotein  51.44 
 
 
264 aa  244  2e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3407  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  47.74 
 
 
271 aa  243  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0430128  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0941  YaeC family lipoprotein  51.44 
 
 
264 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0876  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  45.69 
 
 
271 aa  242  4e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00171435  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1094  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  45.05 
 
 
271 aa  242  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174386  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  50.41 
 
 
258 aa  242  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0937  YaeC family lipoprotein  48.19 
 
 
264 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3501  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  44.94 
 
 
271 aa  241  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000464416  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3344  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  44.94 
 
 
271 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  48.96 
 
 
257 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0735  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.8 
 
 
271 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.005469  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4174  ABC metal ion transporter, periplasmic ligand binding protein  51.44 
 
 
264 aa  239  3e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0436245  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0845  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  44.19 
 
 
271 aa  239  3e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.74258e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4308  YaeC family lipoprotein  48.55 
 
 
264 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2783  YaeC family lipoprotein  46.91 
 
 
258 aa  238  6e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  48.65 
 
 
258 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  47.74 
 
 
257 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5369  YaeC family lipoprotein  49.17 
 
 
260 aa  234  1e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0173047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>