More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1875 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1750  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  67.44 
 
 
816 aa  1114    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0199771 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1883  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  65.81 
 
 
806 aa  1098    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0428661 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1582  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  61.1 
 
 
809 aa  987    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1453  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  73.74 
 
 
814 aa  1221    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2751  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.75 
 
 
811 aa  962    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0848577  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2620  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.28 
 
 
795 aa  641    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00723547  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1091  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
810 aa  948    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.39692  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3020  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  49.08 
 
 
796 aa  712    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2185  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  44.13 
 
 
795 aa  642    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.861692  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2672  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  48.59 
 
 
794 aa  736    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1280  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59 
 
 
815 aa  949    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.477194  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1012  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  45.94 
 
 
781 aa  650    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0141167 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1005  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  50.91 
 
 
818 aa  808    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1774  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.31 
 
 
809 aa  947    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35718 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1896  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.07 
 
 
810 aa  950    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.963354  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1642  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  60.98 
 
 
809 aa  986    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.39134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1825  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.4 
 
 
795 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713489  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4620  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.19 
 
 
809 aa  931    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.52188  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0198  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
810 aa  948    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0968  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
810 aa  948    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2395  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  73.62 
 
 
814 aa  1222    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.990048  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0492  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  45.12 
 
 
792 aa  705    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.229173  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2590  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.82 
 
 
810 aa  953    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1341  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  72.18 
 
 
810 aa  1194    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1582  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.23 
 
 
816 aa  636    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4611  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  72.76 
 
 
815 aa  1197    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16834  normal  0.0519802 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1998  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  47.66 
 
 
784 aa  722    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109142  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2107  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  72.27 
 
 
808 aa  1196    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123782  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1376  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.51 
 
 
811 aa  954    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1404  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.56 
 
 
809 aa  938    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1165  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
815 aa  947    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.827312  normal  0.855752 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1972  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  61.03 
 
 
809 aa  988    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1717  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.4 
 
 
795 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00142202  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2849  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  71.78 
 
 
808 aa  1189    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0102687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0998  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.56 
 
 
809 aa  950    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1875  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
813 aa  1636    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1893  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  44.13 
 
 
795 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1553  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.82 
 
 
810 aa  950    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2854  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  71.29 
 
 
812 aa  1171    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.440462  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1717  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.82 
 
 
810 aa  947    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1740  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
810 aa  948    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3094  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  68.29 
 
 
821 aa  1117    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.102742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1364  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.68 
 
 
809 aa  939    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1480  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.56 
 
 
809 aa  950    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1457  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  59.56 
 
 
809 aa  950    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1534  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  58.95 
 
 
810 aa  948    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.540635  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0834  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  51.15 
 
 
818 aa  822    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0763  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  44.47 
 
 
797 aa  634  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2431  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.22 
 
 
795 aa  629  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175376  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01682  phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0961927  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1929  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000518334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1793  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000955232  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01671  hypothetical protein  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0686641  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1477  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.1 
 
 
795 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.020093  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1918  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333448  normal  0.421493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1932  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.22 
 
 
795 aa  627  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2149  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.18 
 
 
795 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.625217  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1955  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.1 
 
 
795 aa  624  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.111711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1835  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.79 
 
 
795 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000347523  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1466  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.79 
 
 
795 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1433  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.79 
 
 
795 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.030197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2007  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.67 
 
 
795 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.693647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1449  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.67 
 
 
795 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0698  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.84 
 
 
791 aa  621  1e-176  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.155841  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1709  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.71 
 
 
795 aa  619  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.739174  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1952  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.46 
 
 
795 aa  618  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1603  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.34 
 
 
795 aa  609  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.643795  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1729  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.79 
 
 
795 aa  610  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0432  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.93 
 
 
792 aa  610  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2470  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.32 
 
 
793 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24212  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2067  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.46 
 
 
795 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0223695  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0844  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.71 
 
 
795 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000714216  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3476  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.44 
 
 
793 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698698 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1956  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.56 
 
 
795 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1981  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.49 
 
 
792 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134276  normal  0.20776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3220  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.32 
 
 
793 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.363224 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2597  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.1 
 
 
795 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0200655  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2048  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.79 
 
 
795 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.424555  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1732  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.34 
 
 
795 aa  604  1.0000000000000001e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00878056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2215  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.85 
 
 
795 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.188862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1874  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.98 
 
 
795 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000755096  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1901  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40 
 
 
795 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00294003  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1145  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  40.37 
 
 
793 aa  599  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.158362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2418  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40 
 
 
795 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000318266  hitchhiker  0.0000890505 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2469  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.22 
 
 
795 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1908  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.98 
 
 
795 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00255913  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1809  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.88 
 
 
795 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2168  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.88 
 
 
795 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0570245  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1864  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.88 
 
 
795 aa  602  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1972  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  41.95 
 
 
793 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.025038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2509  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  43.1 
 
 
792 aa  602  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2086  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.76 
 
 
795 aa  596  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20470  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.61 
 
 
792 aa  596  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2592  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.15 
 
 
794 aa  598  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0126631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28710  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  42.86 
 
 
792 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.458463  decreased coverage  0.000000000220958 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02093  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.6 
 
 
806 aa  592  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02445  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.83 
 
 
795 aa  595  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.202536  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1829  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  40.37 
 
 
795 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000186413  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2995  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  39.9 
 
 
807 aa  590  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0870176  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1404  phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.88 
 
 
795 aa  590  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>